欧共体法院在1972年的国际水果公司案中形成了一个评判GATT协定的标准。理由是从1947GATT的结构、措词来看，其是基于互惠和相互有利的谈判原则而达成的协定，并且其条款存有极大的灵活性。从而根据此种“结构性弱点”否定了1947GATT有关条款在欧共体的直接效力。包括后来的WTO协定，虽然欧共体承认其为欧共体对外缔结的协定，是共同体法的一部分，对共同体的机构和成员有拘束力，但是又一贯坚持1972年国际水果公司案所确定的标准来否定其效力：既在WTO规则与欧共体自主立法及其成员国国内法相冲突时，个人不能在欧共体法院援引WTO规则，主张欧共体及其成员国之立法无效。
　　但是值得注意的是，就欧共体法而言，却有一种直接效力说的存在，并且在欧州法院的案例中，都曾乐于宣布EC条约规则具有“直接效力”。早在1963年的Van Gend en Loss案中，欧共体法院便确认了这一原则，并且在之后多年的判例中，将具有直接效力的欧共体法的范围扩大到条例、指令和决策等。其根本目的无非是欲建立和强化欧共体法的预防和威慑作用，从而保证欧共体法的统一有效实施。
　　WTO成员国否认协定直接效力的理由很多，各国政治、经济、社会文化体制等方面确实存在差异，各国在发展上也存在阶段性和不平衡。各国在作选择时也多考虑了自己的现时目标战略取向以及政策抉择等多方面的因素。但从根本上说，主要是各国的政治机构总希望最大限度地保留自行决定权和政治灵活性。 然而，WTO本身作为一个健全成熟的国际组织，也充分考虑了经济发展的不平衡以及包括政治、文化在内的多种复杂因素。所以在规定各项基本原则的同时，也充分规定了例外规则。如发展中国家例外情形；安全例外；一般例外；反补贴、反倾销和保障措施例外等。从这种层面上看，其实WTO协定本身就给予了国内法各种规则和机制很大的灵活性。
　　并且，随着WTO的建立，其协定的实施呈现出一种从“条约”到“制度”的演变趋势。《建立WTO协定》中也指出“每一成员应保证其法律、规则和行政程序与所附各协定的义务相一致”。如果不承认WTO协定的直接效力，“WTO协定成为国内法的一部分”就很难具有任何实质意义。同样，如果仅仅采用“转化”的方式来实施WTO协定，WTO所确定的“通过实施非歧视视原则，削减贸易壁垒，促进贸易自由化，在可持续发展的基础上，充分利用世界资源，扩大商品的生产和交换”的宗旨以及“建立一个完整的、更有活力和持久的多边贸易体系”的目标也将面临与实际操作相脱节的可能，不利于WTO协定得以诚信遵守。

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