环境保护许可证制度，是指从事有害或可能有害环境的活动之前，必须向有关管理机关提出申请，经审查批准，发给许可证后，方可进行该活动的一整套管理措施。它是环境行政许可的法律化，是环境管理机关进行环境保护监督管理的重要手段。采取环境保护许可证制度，可以把各种有害或可能有害环境的活动纳入国家统一管理的轨道，并将其严格控制在国家规定的范围内。有利于对开发利用环境的各种活动进行事先审查和控制。便于发证机关对持证人实行有效的监督和管理。

环境保护许可证从其作用上看有三种类型：一是防止环境污染许可证。如排污许可证，危险废物收集、贮存、处置许可证，放射性同位素与射线装置的生产、使用、销售许可证，废物进口许可证等；二是防止环境破坏许可证。如林木采伐许可证，渔业捕捞许可证，野生动物特许捕猎证、狩猎证、驯养繁殖许可证等；三是整体环境保护许可证。如建设规划许可证等。从表现形式看，有的叫许可证，有的称为许可证明书、批准证书、注册证书、批件等。环境保护许可证与其它方面的许可证制度一样，都要有申请、核审、颁发、中止或吊销等一整套程序和手续。许可证发放以后，发证单位必须对持证单位进行严格的监督管理，使持证单位按许可证的要求排放污染物。这种监督管理包括对排污情况的监测、对排污数据的报送、对持证单位排污情况定期和不定期的检查等。对违反许可证排污的，要依法给予处罚，直到吊销许可证。