关于运费的收取方式，起初由L公司向申请人交付运费，然后L公司再向申请人收取。L公司与被申请人之间有长期协议关系，即凡L公司FOB出口货，均委托被申请人先垫付运费，然后再向L公司收取。因G工厂成品回运均由L公司办理出口手续，所以也适用该协议。执行一段时间后。为简化手续，经L公司和申请人协商，要求申请人直接将运费汇至被申请人。这种变通做法在法律上绝不会构成申请人与被申请人之间的协议关系，更得不出因收了运费就成为承运人的结论。
关于运费数额，被申请人一直是按承运人收取的运费数额向委托人收取的（并未从中吃差价），一般由被申请人先垫付给承运人再向委托人收取。这种方式是典型的货运代理代办运输时收取运费的方式。
被申请人认为其不是承运人的理由还有：（1）已提交的“海运出口货物代运委托单”是外运系统统一使用的接受托运人委托的标准单证。（2）申请人与被申请人不存在任何运输协议。（3）第14批肠衣运输所使用的提单是R运输仓储有限公司的多式联运提单，签发提单者虽是被申请人，但在该栏明确标明：“代承运人签发，仅为代理”。（4）第15批肠衣的污染，根据提单当然应由H运输公司或二程船公司负责。
二、仲裁庭意见
仲裁庭认为：
（一）申请人的法律地位
本案申请人是根据多式联运提单承运的第14批货物和根据海运提单承运的第15批货物的收货人，有权分别向这两批货物的承运人索赔。至于根据G工厂和申请人间的来料加工合同申请人是否这两批货物的所有人或托运人，或者是这两批货物的《海运出口货物代运委托单》的实际委托人，则应根据该合同的全部条件方可认定。在仲裁庭不了解该合同全部条件的情况下，仲裁庭假设这些货物在托运时就属申请人所有，而G工厂实际上是受申请人的委托而签上述代运委托单的。
（二）货损发生的时间
仲裁庭认为，虽然申请人称M先生参观被申请人仓库时曾发现肠衣与带有樟脑的马尾鬃同存一库存，靠近堆存，但不足以证明本案两批货物的污染发生在货物储存于被申请人的仓库期间。仲裁庭注意到，被申请人提供的1989年1月的铁路装车货物预配清单记载，58袋肠衣曾与467箱马尾鬃装入同一铁路车皮，然而该批肠衣由于在海运中未与马尾鬃装入同一集装箱而未被污染。因此，认定第14批和第15批肠衣的污染发生在集装箱运输的过程中是合理的，这同申请人提供的检验报告的结论也是一致的。
