首先，政治层面的价值冲突。政治层面的价值冲突集中体现在不同意识形态之间的矛盾冲突上。20世纪90年代，中国基本建立起了社会主义市场经济体制，扫除了中国进行反垄断立法的体制上障碍。但社会主义的意识形态与作为反垄断法律制度生成基础的自由市场体制之间并不完全相容。在中国改革开放过程中，党和政府一直小心翼翼地维护着意识形态方面的一致性、权威性。意识形态考量也成为中国立法和法的实施过程中基本的价值考量维度。这也是为什么在2007年人大常委会通过的《反垄断法》条文中，体现了非常浓厚的意识形态色彩。如《反垄断法》第1条立法目的条款中要“促进社会主义市场经济健康发展”，在第4、5、6、7条以及第28条等条文中，都体现了非常多的意识形态方面的考虑。意识形态上的内在冲突是中国《反垄断法》实施困境的部分原因所在。意识形态的考量对反垄断法的立法和法的实施产生了什么样的影响？如何在意识形态的价值取向和反垄断法其他价值取向中进行平衡？都是需要正视的关键问题。
其次，经济层面的价值冲突。经济层面上的价值冲突主要表现在产业政策与竞争政策的功能替代和关系协调上。对于经济组织，一般而言，既可以通过市场机制，也可以通过政府介入。政府介入经济，又有宏观调控、管制、国有化、产业政策等等。中国政府是否积极推动反垄断立法及其实施取决于建构竞争秩序行动本身的可能收益，取决于建构竞争秩序与实施管制、产业政策以及其他行政管理措施之间的成本收益比较。由于产业政策在提升经济效率上与反垄断法有着非常强的替代关系，并且产业政策在20世纪90年代以来的中国公共政策体系中一直优先于竞争政策，这导致了在产业政策和竞争政策的制度竞争中，竞争政策一直没有得到应有的重视。在反垄断法实施之后，这一局面至今仍未得到根本的改观。产业政策取得优先地位，表明了中国政府对集中管理经济传统的继承。这一选择必然会抑制分散决策的经济组织方式——竞争政策作用的发挥。
