需要指出的是，当通过不同行政区域的环境行政机关之间的合作无法有效实现环境保护之目的时（这是因为行政区划下的环境行政机关通常不对超出辖区的环境质量负责），或者通过合作导致过高的行政成本时，则应当考虑针对自然环境建立相应的区域环境行政机关来实施环境管制。徐祥民教授在探讨排污许可证交易的管理机构时即指出，应当建立与流域、海域等自然环境相对应的单独的环境区域管理机关，来统一规划和管理流域内或者其他环境区域内的环境保护、分配排污许可证及与排污权转让有关的事务。[21]
再次，上下级环境行政部门之间的协同合作关系，对于环境行政许可的正确实施亦具有重要意义。笔者认为，其中最重要的是许可权在上下级环境行政部门之间的合理分配。生态环境虽然具有系统性和整体性，但环境要素也具有明显的地域性。不同的地域，环境要素往往各不相同，客观上要求环境管制因地制宜。就此而言，在一国疆域内，环境许可权配置的重心应在基层（在我国，基层主要是指县、市[22])，而配置给省级以上（含省级）环境行政部门的许可权，应当主要是针对跨区域的开发建设活动、重大开发建设活动、可能产生重大不良环境影响的活动、涉及较高科技背景的活动以及涉外事项等。此外，对基层环境行政部门的行政许可进行指导和监督，也是省级以上环境行政部门的一项重要职责。笔者认为，将环境许可权的重心落在基层，有四个方面的积极意义：一是便于开发建设活动所在地居民参与环境管理，从而更好地维护他们的环境权益；二是有利于实现环境管制的因地制宜，也有助于提高基层环境行政部门的管制能力；三是有利于提高行政效率，方便相对人办事，减轻企业的办事负担；四是可以使省级以上环境行政部门从繁琐的审批事务中解脱出来，将更多的精力用在工作指导、业务监督和政策研究上。
总之，在环境行政许可领域，一国内部各行政机关贯彻协同合作原则，应当注重建立起有效的协同合作机制；实行环境资源情报公开和共享制度；实行重大决定通报制度。[23]
第二，国家与国家之间的合作。这一层面合作的法理基础是国际环境法上的“全球共同利益原则”[24]。目前，环境保护的国际合作主要表现在控制臭氧层耗竭、气候变化、海洋资源保护、生物多样性保护、森林保护等方面。在环境行政许可领域，全球合作的典型实例是温室气体排放许可制度的国际化。《京都议定书》建立了三个温室气体减排交易机制，即排放贸易机制、联合履行机制和清洁发展机制。每一个交易机制都需要一国政府建立或者授权专门的行政机构负责对国与国之间减排指标的谈判、项目的审批、减排信用的登记等事务进行管理。可以预见，各国温室气体排放许可制度将日益趋同。除了全球层面的合作外，区域范围内有关环境行政许可的合作也在加强，如1993年欧洲制定了一个关于环境影响评价的公约，它要求一国在着手一项可能影响其邻国的建设项目时，应当事前通知邻国，并且相邻国公众有权就该项目的实施提出质疑。[25]
（八）国家环境资源主权与不损害国外环境原则
这一原则的内涵包括两个方面：一是对国家环境资源主权的确认。主权的基本特征是独立自主地处理本国事务的“对内最高性”。因此，国家环境资源主权的内容包括自然资源自由处置权、自由勘探开发自然资源的权利、为民族发展而利用自然资源的权利、按照本国环境政策管理自然资源的权利、恢复对自然资源的有效控制和损害赔偿的权利、跨境自然资源利益的平等分享权、外国投资管理权等。二是对国家环境资源主权的限制。这种限制使各国和平共同解决环境问题成为可能。这一层面的内容包括跨国环境侵权的国家责任、跨国环境损害的预防义务、改善本国环境和可持续地利用自然资源的义务、环境合作义务、平等分享跨界自然资源的义务等。[26]
国家环境资源主权与不损害国外环境原则，是现代国际环境法原则体系和制度的基础，居于核心地位。因此，该原则也是环境行政许可制度建构的一项法律原则，主要体现在以下两个方面：
首先，设定和实施环境行政许可在本质上属于一国主权的范畴。例如，联大第1803号、第2158号和第3281号决议都涉及对外国投资的管理，肯定各国有权按照自己的目标和发展计划管理外国投资，认为自然资源的利用和外国资本的输入“均应符合各民族和各国自行认为在许可、限制或禁止此等活动上所必要或所应有之规则及条件”[27]。因此，国际法上的与环境行政许可有关的国际义务，需要转化为国内法才能予以实现。例如，《京都议定书》引入了Cap and Trade(上限与交易）机制，对附件一国家规定了温室气体的排放限额，至于如何对具体的排放源分配排放配额以及对排放许可证进行登记管理等事务，是由各国的国内法来规定的。
