（三）利益权衡
环境行政许可的决策往往与自然资源的利用息息相关，用与不用或者是如何使用现存的资源，时常引发产业者的经济利益与受害人的健康权、生存权的冲突，间接触动消费者的消费权益、从业劳工的健康权与工作权以及相关企业的竞争优势等广度的利益纠葛。即使在环境保护的领域内，亦有不同环境价值之间的冲突。例如，鼓励多用纸制品以减少对塑胶容器的依赖，虽然有助于垃圾的处理以及减低化学制品制造过程中污染源的产生，但却对森林的砍伐带来压力。此外，环境行政许可所带来的利益冲突也可能表现在国际上。臭氧层破坏、温室效应、酸雨、油污等问题都有待国际性或区域性的解决。但是，在国际上，各国对这些问题的形成负有相当不同的责任，不同发展阶段的国家对这些问题的缓急定位也颇不相同，因而引发国际间的利益冲突。
由于环境行政许可的决策在性质上容易引发广泛的利益冲突，因而在决策过程中往往必须作利益衡量或轻重缓急次序的排定，而难以对某一利益作绝对式的定论。此种“利益权衡”的性质，使得环境行政许可决策的政治意味提高，进而加强民主理念的比重。[4]
（四）代际平衡
环境保护的核心问题，乃是资源的使用与配置。由于现今通行的资源使用与配置方法，有许多是不可回复或者回复困难的，因而造成这一代人作决策，而由下一代人承担后果的问题。因此，在环境行政许可的实施过程中，容易衍生代表性危机的发生（即下一代人由谁作代表参与许可决策）以及伦理意味浓厚等现象。针对此一特色及衍生现象，在环境行政许可程序的设计上，应当强调对下一代价值的关照，根据信托法理论设计下一代代表的参与，并强化对资源使用后果的预测与控制，适度节制现今的量化性决策。在实体上，则应从“善后”的观点，往前移至“预防”的观点，在许可决策的过程中，尽力去考虑、保障下一代人对自然资源的权益。[5]
（五）国际关联
地球生态系统（生物圈）是一个流动的物质和能量循环体，它们不以对国家或地区疆界的人为划分而分割。因此，一个国家、一个地区对人类环境利用行为所实施的法律控制，必然会在一定的程度上对其他国家或地区产生积极或消极的影响。例如，一个国家为防治大气污染而采取高烟囱化措施，就可能使该大气污染物质随大气循环而污染其国家或地区；地处河流上游国家的水污染物排放许可，可能会导致地处河流下游国家发生水污染损害；各国大量排放二氧化碳导致全球气候变暖，等等。因此，虽然环境行政许可在法律性质上是一国内部的管制措施，但在许多情况下，往往具有国际关联性。最典型的例子就是温室气体排放许可制度的国际化。因此，一国在设计环境行政许可法律制度时，必须做好国际义务与国内规划的协调，避免自绝于国际社会的封闭制度。
二、环境法基本原则在环境行政许可制度建构中的运用
根据上述环境行政许可的特色，笔者认为，环境行政许可的制度建构，除了须遵循行政许可的一般立法原则外，还须遵循以下八项环境法基本原则。这八项原则对具体的制度建构均有明确的要求。
（一）预防原则
预防原则是指一国的环境行政许可法律制度，应当以制止、限制、控制可能引发环境损害的活动为宗旨。该原则的核心思想是避免或减少环境损害。它包括三个要素：第一，预防的对象是环境损害。对这种损害的预防往往表现为对具有环境危害性的活动或行为的避免，但在危害性的活动或行为发生后的及时控制措施也属预防范畴。第二，该原则追求避免危害行为或事件的发生，但在危害行为或事件已经发生或不可避免的情况下，该原则要求防止危害的扩大，并将其控制在尽可能小的范围内。也就是说，预防原则的目标具有层次性，只有在首要目标无法实现时，才能退而求其次。第三，其具体措施应当是积极的、预防性的事前措施，而不是消极的、反应性的事后补救。[6]
预防原则是国际社会公认的环境法原则。许多国际环境法律都对预防原则做了明确规定。例如，1992年建立欧洲联盟的《马斯特里赫特条约》将预防原则作为欧共体环境政策的基础之一。它规定：“共同体环境政策应以高层次的保护为目标”，“应以预防原则为基础，必须采取预防措施，必须优先从污染源上矫正环境损害”。学界通常把预防原则称为环境法的“黄金规则”，因为这一原则追求无害（尽管无害是难以实现的）和降低危害。与其他行政许可相比，“预防理念”在环境行政许可中体现得最为突出，这是与现代环境管理的“源头控制”理念相契合的，这也是许可证制度在现代环境法上得到广泛运用的一个根本原因。
