（六）公众参与原则
公众参与原则是指公众有权通过一定的程序或途径参与到环境行政许可的决策、监督之中，并有权受到相应的法律保护和救济，以防止环境管理的违法和盲目，维护公众的环境权益。在现实中，由于环境问题经常涉及复杂的科技背景，因而部分论者主张环境管制最适宜专家政治。然而，环境管制也经常涉及利益的冲突，需要借用民主理念寻求解决。在环境行政中，参与式民主的观念并不在于以投票的方式解决所有的问题，而是由受影响民众通过适当管道参与决策过程，借以调和利益冲突，促进民主政治的发展，从而改善政府的决策品质。
在环境行政许可领域，公众参与原则主要体现在：第一，行政主体在作出许可决定前，应当听取环境权益受影响者（通常为相邻权人以及开发建设活动所在地的居民）的意见，主要是通过许可听证程序来完成。第二，公民提起与环境行政许可有关的行政公益诉讼，以维护环境公益。从世界范围来看，主要有两类：一是撤销诉讼，即请求法院撤销许可机关违法颁发的环境许可证；二是课予义务诉讼，即被许可人不履行或不正确履行许可证所规定的义务而有关主管机关又怠于执法时，公民请求法院责令主管机关积极采取执法措施。[18]第三，公民通过行政系统内部的检举、控告管道，请求上级行政机关督促下级行政机关正确履行职责，或改变、撤销下级行政机关违法、不适当的许可决定。上述三个方面都需要在立法上作出相应的制度安排。
（七）协同合作原则
协同合作原则是指在环境行政许可领域，一国内部各行政机关之间、国家与国家之间，就许可事项进行广泛的合作、协调与沟通，联合处理环境问题。地球仿佛是一个巨大的村庄，人类只是这个村庄中的一分子，人与环境的关系不会因人为的部门、行政区划及国界的划定而失去联系，局部的污染或破坏也终将反映到整个地球之中。所以，治理环境问题不能仅靠一个国家、一个部门，必须全国、全世界携手合作，才能从根本上扭转环境退化的局面。在环境行政许可的制度建构上，协同合作原则主要体现在以下方面：
第一，一国内部各行政机关之间的协同合作。主要包括环境行政部门与经济行政部门之间的协同合作、不同行政区域的环境行政部门之间的协同合作、上下级环境行政部门之间的协同合作（这里的环境行政部门是指具有环境管制职能的部门，并非仅指环保部和地方各级政府的环保局）。
首先，由于环境行政许可在本质上是平衡人类经济利益与生态利益的一种管制工具，因而，环境行政许可通常是作为经济行政部门的管制手段（尤其是经济行政部门的行政许可）的前置条件而存在的。例如，环评审批为投资主管部门（前身为计划部门，现为发展改革部门）审批、核准建设项目的前置条件。这就要求在立法上应做到环境行政许可与经济管制措施的有机协调，当经济管制措施不适应环境行政许可的要求时，应当及时改进经济管制措施。目前，我国立法在这方面还存在诸多问题，亟需加以完善。例如，《环境影响评价法》规定环评文件未获批准，项目不得开工建设，但是《建筑法》第8条并没有明确将环评批准文件列为施工许可证的条件[19]，从而造成建设部门在审批施工许可证时，通常不考虑相对人是否取得环评批准文件（如上海市、重庆市建设主管部门公示的施工许可证申请材料均无环评批准文件[20]，这为相对人未作环评即开工建设开了方便之门，而《环境影响评价法》关于事后补办环评的规定又在相当程度上助长了这种违法现象。
其次，由于在一个行政区域内进行开发建设活动可能影响其他行政区域的生态环境，因此，该行政区域的环境行政机关在作出许可决定前，应当将许可事项及时通知可能受影响的其他行政区域的同类环境行政机关，并听取其意见，以防止出现“管理漏洞”。在目前我国的环境立法中，这方面的制度安排还不够完善。比如，《环境影响评价法》第23条规定：“国务院环境保护行政主管部门负责审批下列建设项目的环境影响评价文件：（一）核设施、绝密工程等特殊性质的建设项目；（二）跨省、自治区、直辖市行政区域的建设项目；（三）由国务院审批的或者由国务院授权有关部门审批的建设项目。前款规定以外的建设项目的环境影响评价文件的审批权限，由省、自治区、直辖市人民政府规定。建设项目可能造成跨行政区域的不良环境影响，有关环境保护行政主管部门对该项目的环境影响评价结论有争议的，其环境影响评价文件由共同的上一级环境保护行政主管部门审批。”在这一法律条文中，尽管规定了有关环境行政主管部门对建设项目的环评结论有争议的，其环评文件由共同的上一级环境行政主管部门审批，但是，却没有明确规定，建设项目所在区域的环境行政主管部门在批准环评文件前应当及时通知可能受影响区域的环境行政主管部门，并听取其意见，从而在行政程序上形成了“漏洞”（尽管环评机构在编制环评文件时很可能考虑了建设项目的跨界影响）。这样的规定，在实践中有可能出现某行政区域的环保部门只重视本地区的环境保护，而忽视其他地区的环境保护，从而将环境风险转嫁于另一行政区域（在产生实质性的环境损害前，另一行政区域的环保部门并不知情）。
