3. 资本结构特殊。在外商投资公司的注册资本中，外国投资者的投资比例一般不低于25%。
4. 公司治理与公司组织的特殊结构。外商投资公司的公司治理与普通内资公司不同，它没有股东会的设置，也没有监事会的设置，仅有董事会和总经理的设置。外商投资公司的公司董事会代替了普通内资公司股东会的作用。它作为外商投资公司的最高权力机关，决定合营企业的一切重大问题。董事会的组成由合营各方协商，在合同、章程中确定，并由合营各方委派和撤换。董事会的议事规则也与一般内资有限公司不完全相同，它将需要采用特别决议程序决定的事项( 如合营企业章程的修改； 合营企业的中止、解散； 合营企业注册资本的增加、减少； 合营企业的合并、分立等) 改为实行“一致决”的议事规则。董事长和副董事长的产生不单独采用选举方式，还采用协商方式，并在董事长、副董事长分配上兼顾中外双方利益，中外合营者的一方担任董事长的，由他方担任副董事长。经理职权的行使也不同于
内资公司。总经理处理重要问题时，应当同副总经理协商。二元体系的另一个突出表现是外商投资公司法与公司法的不同立法目的上。外商投资公司法的立法着眼于对外经济开放和引进外资，而公司法的立法是“为了规范公司的组织和行为，保护公司、股东和债权人的合法权益，维护社会经济秩序，促进社会主义市场经济的发展”。
(二) 外商投资公司法遇到的问题
30 余年来，特别是改革开放初期许多立法处于空白之时，外商投资公司法在规范外商投资公司，保护投资者合法权益，促进投资等方面，发挥了重要作用。同时，随着市场经济的发展，也已暴露出越来越多的问题。
1. 规范的公司形式单一。就国家制定法而言，先行的外商投资公司法，不论是中外合资经营企业法、中外合作经营企业法，还是外资企业法，凡涉及公司制度的都仅规定了有限责任公司。外商投资股份有限公司除政府部门规章外，没有法律、行政法规的相关规定。
2. 规则简略，难以完全满足调整外商投资公司关系的需求。中外合资经营企业法、中外合作经营企业法和外资法虽然不是同时制定的，但有一个共同的缺陷，即条文少。外商投资公司设立、存续和终止经常遇到的问题缺少解决的依据，影响公司的治理与经营。即便是国务院制定了相应的实施条例，但因实施条例所依据的法律简略，也无法弥补外商投资法律的漏洞。
3. 规则刚性有余，制约公司发展。根据中外合资企业法、中外合作经营企业法及其实施条例的规定，中外合资经营企业、中外合作经营企业合同、章程均应报国家对外经济贸易主管部门( 以下称审查批准机关) 审查批准。合营企业在合营期内不得减少其注册资本。因投资总额和生产经营规模等发生变化，确需减少的，须经审批机构批准。合营一方向第三者转让其全部或者部分股权的，须经合营他方同意，并报审批机构批准，向登记管理机构办理变更登记手续。合营一方转让其全部或者部分股权时，合营他方有优先购买权。合营一方向第三者转让股权的条件，不得比向合营他方转让的条件优惠。违反上述规定的，其转让无效。外国合营者作为出资的机器设备或者其他物料、工业产权或者专有技术，应当报审批机构批准。合营企业订立的技术转让协议，应当报审批机构批准。过严的审批制度带来了一系列问题[24]，譬如对有的违反审批规定的行为规定了效力判断规则，有的则没有效力判断规则； 少数审批规则规定在法律中，多数规定在行政法规中，而后者并没有法律规定作为依据。同时，过多地依赖审批，易于抑制自治，不利于促进投资，尤其不利于提高效率。
无疑，以上的问题有的可以按照法律适用的规则解决。2005 年的《公司法》在附则中规定，外商投资的有限责任公司和股份有限公司适用本法，有关外商投资的法律另有规定的，适用其规定。根据该规定，公司法是一般法，外商投资公司法是特别法。两者是一般法与特别法的关系。根据公司法规定的原则，公司法对于外商投资公司有一般适用与补充适用的地位。外商投资公司法对于外商投资公司有优先适用的地位，凡外商投资公司法有特别规定的，均适用外商投资公司法的特别规定。公司法规定的原则诸如股东有限责任原则、股东平等原则等具有一般适用的意义； 外商投资法律没有规定而公司法作出的规定具有补充适用的意义。
