其二，学位评定委员会可以成为行政诉讼被告吗？这似乎是一个已经在法官的判决以及上文的论述中得到解答的问题，其实不然。尽管“法律、法规授权的组织”之语义、意义和缺陷前已扼要阐明，但是，在学位评定委员会是否具有被告资格问题上，这一概念再次显示其另一个欠缺：我们该如何从法律、法规所用语言中判断某个组织具有独立的法律人格？在此，首先关注一下被告北京大学学位评定委员会相关的法庭陈辞和法官对此所作的回应。
北京大学是学位授予单位，北京大学具备法定的主体资格，学位评定委员会只是北京大学专司审核、批准是否授予博士学位决定职能的法定机构，不能成为最后颁发博士学位证书的主体。尽管学校和学位委员会有紧密的联系，但二者毕竟不是同一主体，是种属关系。虽然北京大学学位评定委员会是法律授权专门行使某项职权的机构，但不是一般行政法意义上所讲的法律、法规授权的组织，只是法律规定的学位授予单位内部一种相对独立的特定机构而已。最终还得由北京大学根据校学位评定委员会的投票结果作出不授予刘燕文博士学位的决定。所以，该诉讼中校学位委员会不具有适格的被告身份。（被告陈辞）
简而言之，北京大学学位评定委员会在法庭上提出了这样的一个观点：学位评定委员会虽经法律授权，但它是北京大学下属的、相对独立的内部机构，不授予刘燕文博士学位的决定最终是以北京大学的名义作出的，故学位评定委员会不是适格被告。那么，法官如何作出针对性的答复呢？从前文所引一审判决部分内容看，法官给出的判断标准有三：①根据《
学位条例》第
10条第2款之规定，作出是否批准授予博士学位的决议的权力“专由该学位评定委员会享有”；②北京大学依据《
学位条例》第
11条的规定，只是负责在校学位委员会作出授予博士学位的决定后“发给学位获得者相应的学位证书”；③校学位委员会作出是否授予博士学位的决定，“直接影响到刘燕文能否获得北京大学的博士学位证书。”可见，法官对同样的规则再次有选择性地进行了解释，并在实际上确立了学位评定委员会的独立法律人格，认定其是一个与学位授予单位并立的机构。然而，如果对现有规则细加分析和阐释，笔者更倾向于被告的结论，尽管论理过程与被告的简单陈辞有所区别。
第一，《
学位条例》第
9条“学位授予单位，应当设立学位评定委员会”的规定，似乎更明显地具有学位评定委员会系学位授予单位的下设机构之涵义；
第二，尽管《
学位条例》第
10条第2款明确是否批准授予博士学位的决定由学位评定委员会作出，但是，其他法律也有类似明确一个独立法人内设机构职权的规则，例如《
行政复议法》第
3条关于行政复议机关内部法制工作机构的一些职权的规定，而其权力的行使皆以复议机关的名义。因此，法律规定某项权力由谁行使并不意味着谁就具有独立法律人格；
第三，从《
学位条例》第
11条“学位授予单位，在学位评定委员会作出授予学位的决议后，发给学位获得者相应的学位证书”之规定看，内含学位评定委员会将授予学位的决议报送学位授予单位这一程序，在此程序基础上由校长（学位授予单位法定代表人）签名发放的学位证书实际上是最终形成的授予学位决定。类比其他具体行政行为，许多许可或确认证书的颁发都是最终意义上成立的决定，证书只是决定的一种形式要件而已。因而，我们有理由认定授予学位决定的独立法律主体是学位授予单位。由此推断，不授予学位决定最终也是以不颁发学位证书的形式完成的，独立意义的行政主体就是学位授予单位。在某种意义上，学位评定委员会的决议类似于行政复议机关法制工作机构“拟订”的复议决定，只是《
学位条例》并未明确学位评定委员会决议的“拟订”意义，而《
行政复议法》有此明文规定。 当然，鉴于《
学位条例》相关规则的模糊性，以上解释也是发笔者一己之见。但是，法官所选择的解释没有充分就被告的异议提供具有说服力之澄清，其在解释中所确立的“是否授予学位之决定与是否颁发学位证书系两种权力的行使”之潜在涵义似又违背大量行政之习惯，而习惯在法官适用甚至创造规则之时是应当予以谨慎考虑的。
最后有必要提及的是一审判决中有关此问题存在明显前后矛盾之处。法官在判决书认定证据部分是如此陈述的：“原告刘燕文提供了北京大学为刘燕文颁发的（96）研结证字第001号研究生结业证书，……本院认为，上述证据表明北京大学已于1996年1月作出了对原告刘燕文颁发研究生结业证、其博士学位论文未获通过、不授予其博士学位的决定的事实。” 在这里，法官凭借研究生结业证书这一份证据，就可以认定北京大学作出不授予博士学位的决定的事实，足见其在颁发证书与作出决定之间关系问题上与本文观点极为接近，而与其在阐述学位评定委员会被告资格时的观点相悖。也许，有人会认为这只是法官的笔误。的确，在当前中国大陆法院的判决书中存在许多类似的“笔误”，但是，作为一个有意通过规则解释来促进制度变迁的法官，应当慎之又慎，尤其是在最终形成具有权威性的、在相当意义上规范未来行为的判决陈辞方面。
其三，刘燕文的起诉是否超过诉讼时效？这个问题同样是被告在法庭陈辞中提出的，其大意是刘燕文在三年半之后向法院提起行政诉讼，不符合行政诉讼案件受理的时限条件。在分析法官意见之前，有必要倾听刘燕文的事实陈述。
原告刘燕文诉称，……根据规定，论文没有通过答辩的才发结业证。其在论文未获通过后，曾向各方了解其论文存在的问题，才发现论文未获通过，主要原因不是论文存在什么问题，而是人为的问题。其在此之后曾经向北京大学多次询问，北京大学给予的答复是无可奉告。其向校长反映，得到的答复是“研究一下”，但此后再无下文。为此其也曾向国家教委学位办公室反映，学位办说已责成北大给予答复， 然而其一直未得到消息。其曾经于1997年向法院起诉，未被受理。在此次起诉前，其也通知了学校，学校仍不管。其在没有办法的情况下，才向法院诉讼……
