综合执法在行政诉讼中的主要问题有：
1、诉的主体问题
根据诉讼法原理，一个完整的诉离不开当事人要件，且当事人必须适格即必须与讼争的法律关系具有一定的利害关系，能承担诉讼的后果。在行政诉讼的被告方面，我国行政诉讼法规定只有作出具体行政行为的行政机关才能成为被告，行政法学原理认为只有行政主体资格的行政组织方能成为适格被告。因此具备行政主体资格的职权行政机关和法律法规授权组织能成为行政主体的适格被告，作出具体行政行为的受委托组织不能成为被告。因此考察综合执法组织的诉讼中的地位问题必须从其法律地位着手。
当前综合执法主体的合法性和权力基础建立在以下几个方面：第一，行政授权。依《
中华人民共和国行政处罚法》第
16条的规定，国务院或者国务院授权的省级人民政府可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政处罚权。通过这种方式获得行政处罚权的综合执法组织限定于“行政机关”，其他组织不能获得授权，这种行政授权的综合执法组织具有行政主体资格，可以以自己的名义作为被告应诉；第二，法律、法规授权。依《
中华人民共和国行政处罚法》第
17条的规定，法律、法规可以授权特定公共组织行使一定的行政处罚权，通过该种方式成为综合执法主体的组织作为法定授权组织亦具备行政主体资格，可以作为被告；第三，受委托行使权力。《
中华人民共和国行政处罚法》第
18条的规定，综合执法主体可以接受其他行政机关的委托行使相应的行政处罚权，不过这时候综合执法主体不具备行政主体资格，不能成为行政诉讼的被告，而由委托机关作为被告，鉴于此时综合执法组织与被诉具体行政行为有利害关系，可作为第三人参加诉讼。
2、被诉具体行政行为及审理中的问题
鉴于综合执法主要限定于一定范围内一些较为简单的违法事项，适用简易程序进行行政检查和处罚，下列因素往往会影响综合执法行为的合法性：
