第一、综合执法管辖范围较广，几乎涉及城市管理的方方面面，由于综合执法人员的素质有限，极易导致综合执法组织在适用法律依据方面把握不住，显然根据
行政诉讼法第
54条第2项的规定，人民法院将依法予以撤销或确认违法；
第二，综合执法在取证方面较为困难。《
中华人民共和国行政处罚法》第33规定适用简易处罚的前提是“违法事实确凿并有法定依据”，但综合执法中大多数相对人的违法行为并不属于“违法事实确凿”情形，取证较为困难，除非相对人承认，否则便有可能因“主要证据不足”被撤销或部分撤销其具体行政行为；
第三，《
中华人民共和国行政处罚法》对简易程序作了明确规定，如只能是对公民处以50元、对法人或者其他组织处以1000元以下罚款适用等等，适用简易程序时必须认真按法律规定履行，而不能将简易程序变为任意程序，出示执法身份证、填写行政处罚决定书并载明当事人的违法事实、处罚依据、罚款数额、时间、地点等，并且不得侵犯相对人的陈述权和申辩权，否则会构成程序违法而被确认无效或被撤销；
第四，综合执法中经常出现的另一个问题是由于综合执法与专业执法在权限划分上并不明确，给综合执法组织带来了一个隐患就是，在综合执法与专业执法权限不明的灰色地带，综合执法组织作为极易导致行政行为越权，根据行政法上的越权无效原则，人民法院只能依法予以撤销；而不作为又极易导致不履行法定职责，如果相对人要求综合执法主体履行法定职责，此时人民法院应当谨慎处理：根据相对人起诉对象不同作相应处理，如果相对人要求综合执法组织履行法定职责，而该职责又确属其所有的，责令其履行；如果该职责不属于其所有，则属于专业执法机关不作为，根据《
最高人民法院关于执行＜中华人民共和国行政诉讼法＞若干问题的解释》（以下简称
《解释》）第
23条的规定，告知原告变更被告，原告不同意的裁定驳回起诉。如果因职责划分不明而无法确定适格被告的，推定由专业执法机关为被告，这是由职权法定原则决定的，权力未明确授予的应视为未授予，以防止相互推诿；
