在新疆，各民族间政治地位的平等主要通过民族区域自治制度得以实现。在国家统一领导下，在少数民族聚居地区实行民族区域自治，使少数民族自己管理本自治地方的内部事务，是中国解决民族问题的一项基本政策，也是中国的一项重要政治制度。成立于1955年的新疆维吾尔自治区，是以维吾尔族为主体的民族自治地方。在维吾尔族以外的新疆其他少数民族聚居地区，还成立了哈萨克、回、柯尔克孜、蒙古等4个民族的5个自治州，以及哈萨克、回、蒙古、塔吉克、锡伯等5个民族的6个自治县，还有43个民族乡。新疆是全国唯一的三级（区、州、县）自治地方俱全的自治区。各级自治机关在历届人民代表大会代表组成以及干部配备上，坚持各民族平等参与、共同管理的原则，保证各民族共同当家作主。各级自治机关根据本地实际制定并实施自治法规、地方性法规和具有法律效力的决议，依法保障民族自治地方的自治权利。截至2008年底，自治区人大及其常委会制定的现行有效的地方性法规127件，通过法规性决议、决定28件，批准乌鲁木齐市地方性法规，各自治州、自治县单行条例100件。
国家和自治区一直把选拔、培养和使用少数民族干部作为实行民族区域自治政策的关键，通过送去学习、加强培训、基层锻炼、异地交流、挂职轮换等多种形式，培养和造就了一大批优秀少数民族干部，少数民族干部队伍的人数和素质大幅提高，并保证各级各类少数民族干部的相应比例。1955年，全疆有少数民族干部4.6万人，1965年为6.7万人，1975年为9.3万人，1985年为20.2万人，1995年为27.2万人，2005年为34.0万人，2008年为36.3万人，占全疆干部总数的51.25%。目前，自治区的政府主席、各自治州的州长、自治县的县长以及相应的人大常委会主任、人民法院院长、人民检察院检察长都由实行民族区域自治的民族的公民担任，绝大多数的地、州、市的专员、州长和市长以及县长、区长由少数民族干部担任。
自治区政府采取各种特殊政策措施，努力使各民族一律平等的权利在社会生活和政府行为中得到落实和保障。1993年颁布、2002年修改的《
新疆维吾尔自治区语言文字工作条例》，从法律上保障各民族语言文字平等的权利，提倡和鼓励各民族互相学习语言文字。1996年颁布的《
新疆维吾尔自治区实施〈中华人民共和国消费者权益保护法〉办法》中规定，在自治区境内生产并销售的商品，其包装和说明书上应有少数民族文和汉文；经营者在其经营场所悬挂和在食品包装、装潢上标注“清真”字样或标记，必须经县级以上人民政府民族事务管理部门批准。
国家坚持各民族语言文字一律平等的原则，反对任何形式的语言特权。自治区政府根据新疆的具体情况，于1988年和1993年相继颁布了《新疆维吾尔自治区民族语言使用管理暂行规定》和《
新疆维吾尔自治区语言文字工作条例》，从制度上保障少数民族使用本民族语言文字的自由和权利。新疆目前13个世居民族使用10种语言和文字。自治区及各自治州、自治县机关执行公务时，同时使用自治民族和汉语两种语言文字。新闻、出版、广播、电影、电视等都广泛使用少数民族语言文字。《新疆日报》用维吾尔、汉、哈萨克、蒙古四种文字发行。新疆电视台用维吾尔、汉、哈萨克、蒙古四种语言播放节目。新疆人民出版社用维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、柯尔克孜、锡伯六种文字出版各类图书。新疆各出版社出版的图书与音像制品中使用少数民族语文的占到70%以上。
尊重少数民族风俗习惯，是保护各民族平等权利的一项重要内容。国家和自治区各级政府在承认各民族都有保持或改革本民族风俗习惯自由的基础上，制定一系列政策、法规，尊重和照顾少数民族饮食、衣饰、年节、婚姻、丧葬等方面的习俗。自治区政府每年都要对少数民族生活必需的肉食和副食品的生产和供应作出专项安排，保证各民族特需食品的生产和供应，特别注意照顾10个普遍信仰伊斯兰教的民族。在新疆，每年的肉孜节和古尔邦节，信仰伊斯兰教的各族人民都可以享受节日的假期，俄罗斯族在圣诞节、复活节也有法定假期。
民族团结，是促进各民族真正平等的保障。国家保障各少数民族的合法权利和利益，反对民族之间的隔阂、歧视、仇恨和冲突，反对大民族主义，主要是大汉族主义，也反对地方民族主义。在新疆，加强各民族间的团结有着特别重要的意义，是做好新疆一切工作的重要保证。多年来，自治区政府大力倡导“人人都有民族团结思想，人人都讲民族团结，人人都懂民族政策，人人都做民族团结的好事。”新疆各族人民在实践中提出了“汉族离不开少数民族，少数民族离不开汉族，各少数民族之间也相互离不开”的“三个离不开”思想。1982年新疆在全国各省区市中率先开展民族团结进步表彰活动，至今已召开五次民族团结进步表彰大会，共有862个民族团结进步模范单位和1520名模范个人受到自治区的表彰。1983年开始在每年5月开展民族团结教育月活动，集中、广泛地进行民族平等团结的宣传教育，至今已坚持27年。新疆的小学至大学各类学校教育中均设置民族团结及民族知识教育的课程。通过坚持不懈的民族团结教育，各民族平等团结的观念和“三个离不开”的思想不断深入人心，各民族间互帮互助、互敬互爱蔚然成风。
在新疆，平等团结互助和谐的民族关系表现在社会生活的各个方面。受传统生产生活方式影响，维吾尔族人与回族人在经商和餐饮业方面，汉族人在种植蔬菜方面，哈萨克族人在放马牧羊方面各有所长，统一的市场和相同的生产目的，使各民族相互协作，共同发展。共同的社会制度、共同的政治经济组织、共同的社区生活使不同民族成员结成同志、同事、邻居和朋友这样一些稳定的合作关系，彼此间的了解和友谊大大增强。据2004年、2005年在新疆10余个县（市）进行的一项问卷调查，城镇维吾尔族居民和汉族居民中，有两个以上异族朋友的分别占65%和61%，没有异族朋友的人分别占30%和29%。近年来，不同民族成员通婚的现象逐渐增多。在乌鲁木齐市，1980年婚姻登记中2.1%为族际婚姻（218对），2003年上升为5.9%（811对）；在塔城市，婚姻登记总数中族际婚姻的比例，1995年为5.5%，2003年增至39.5%。据1987年对伊宁市一个4个民族共居的街巷的调查，在具有语言能力的141人中，会2种语言的48人，会3种语言的16人，会4种语言的6人，会5种语言的1人。每逢维吾尔、哈萨克、回等普遍信仰伊斯兰教的民族欢度古尔邦节和肉孜节，汉、蒙古等民族欢度春节，各民族友邻、同事都问好祝福，共享喜庆。
