另一有关参赛资格的纠纷出现在兴奋剂领域，并由此而产生了两项国际体育仲裁院裁决。国际奥委会执委会在2008年大阪会议曾经通过一项规则，禁止因为兴奋剂被禁赛6个月以上的运动员参加下一届奥运会，包括夏季和冬季奥运会。受此条规则限制，诸多知名运动员将没有资格参加伦敦奥运会，如美国著名田径运动员梅里特。围绕这一规则的有效性，美国和国际奥委会各执一词，双方协议将此问题提交国际体育仲裁院进行仲裁，国际体育仲裁院经过审理后认为:第一，该规则具有惩罚性，不支持国际奥委会认为其是一项参赛资格规则的立场，参赛资格规则不应该具有惩罚性，国际奥委会也没有权力制裁尚没有获得奥运会参赛资格的运动员。第二，该规则与《世界反兴奋剂条例》相冲突，国际奥委会作为缔约方，应该严格遵循该条例对兴奋剂处罚的规定，不得作出任何实质性的更改。该条例明确规定，缔约方不得制定任何可能延长条例关于取消资格期限的规定，而国际奥委会的这一规则显然延长了运动员被取消参赛资格的时间，不符合《世界反兴奋剂条例》的规定。据此，裁决国际奥委会的这一规则无效，多名知名运动员因此而获得了参加伦敦奥运会的资格。无独有偶，英国奥委会也有类似规定，并且更为严格，终身禁止受过兴奋剂处罚的运动员参加奥运会，这一规定也被国际体育仲裁院在另一裁决中推翻，英国短跑运动员钱伯斯等曾经受过兴奋剂处罚的运动员得以参加伦敦奥运会。
国际体育仲裁院在此再次体现出其体育最高法院的角色，并且展示了它的独立性和公正性，并不受国际奥委会的干扰，甚至撤销了其所制定的规则，国际奥委会也尊重了国际体育仲裁院的裁决。虽然国际体育仲裁院裁决这些规则无效，但世界反兴奋剂组织正在试图修改《世界反兴奋剂条例》，使其与国际奥委会的规则协调，根据该组织最新发布的修改草案，在第10条中新加入了一款，规定如果运动员或其他人员因违反兴奋剂规定遭到处罚，作为附加惩罚，将在惩罚生效期满后，禁止其参加下一届夏季和冬季奥运会。在决定是否给予此项附加惩罚，制裁机构应该综合考虑比例原则、此人的过错严重程度以及在兴奋剂违规调查中配合的程度等因素。如果这一修正草案获得通过，可以预计，会对使用兴奋剂行为起到一定的震慑作用。
