指挥部办公室具体负责指挥部的日常工作，组织、协调指挥部各成员单位，共同参与重大动物疫情处置工作；作好疫情的监测和预测预报，开展流行病学调查，对疫情作出全面评估；会诊动物疫病，划定疫点、疫区、受威胁区，提出封锁建议，并参与组织实施；监督、指导对疫点内患病及易感动物的扑杀及其产品的无害化处理；监督、指导对疫点、疫区内污染物和场所等实施消毒等无害化处理；组织对疫区、受威胁区易感动物实施紧急免疫接种；对疫区、受威胁区内的易感动物及其产品生产、贮藏、运输、销售等活动进行检查和监督；建立紧急防疫物资储备库，负责疫苗、消毒药品、诊断试剂、器械（免疫、消毒、扑杀等）、防护用品、无害化处理等防疫物资的组织、储备和调配；提出疫情处理时用于封锁、扑杀、消毒、无害化处理、紧急免疫接种、扑杀补贴等专项资金使用计划；组织宣传法律法规和培训疫情处置人员防控和自我保护知识。
　　3.指挥部各成员单位职责
　　县政府办公室和县应急办：协助县政府领导做好重大动物疫情的信息收集、上报、情况通报和应急处置工作和上传下达，协调有关乡镇、县级有关部门做好协调配合工作。
　　县委宣传部：负责新闻媒体的管理，坚持正面宣传为主，有效协调新闻舆论，把握正确舆论导向，防止新闻炒作。
　　县农委：负责应急处置工作情况收集，协调县级有关部门、有关乡镇做好配合工作，督促落实相关职能职责。
　　县畜牧兽医局：履行县指挥部办公室工作职责。负责重大动物疫病应急处理物质的储备、突发重大动物疫情报告，现场流行病学调查、临床诊断、实验室检测和疫病监测，监督、指导和协调疫情封锁、隔离、扑杀、无害化处理、紧急免疫、消毒等措施的实施。
　　县财政局：负责筹集、落实重大动物疫情应急处理专项资金和防疫物资储备所需资金，按照疫情处置的需要，及时进行资金调整和拨付，强化资金使用的监督管理。
　　县公安局：负责疫区封锁，疫点（区）社会治安管理、安全保卫工作，协助疫源追踪、疫点和疫区内易感动物的扑杀，配合动物防疫监督检查站对搭载病死畜禽及畜禽产品车辆的查处；维护疫区交通秩序，确保交通安全。
　　县卫生局：负责制定人畜共患传染病的防治规划并组织实施；做好疫点、疫区、受威胁区内养殖户、畜牧兽医人员、经营户等高危人群的疫情监控、预防注射和病人的诊治工作；人畜共患传染病在人群中发生时，及时将疫情报县人民政府，并通报畜牧兽医局；协调组织各级卫生部门力量参与疫情处置，及时采取扑灭传染源和切断传播途径等控制措施，防止人畜共患传染病向人间传播；加强对餐饮等使用动物产品行业的卫生监督，设立定点医院收治人畜共患疾病患者；负责启动、组织、指挥和实施人畜共患疫病应急预案。

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