--坚持统筹规划与有序推进相结合。加强新疆科研机构顶层设计，以适应自治区经济社会跨越式发展为目标，通过合理定位、调整结构、创新机制、配套政策，有序推进科研机构的创新发展。
--坚持分类改革与整体配套相结合。根据科研机构的类型和学科特色进行分类定位，按照事业单位分类改革的总体要求，分类指导，坚持“一院一所一策”，与人事、财税、金融、社会保障等政策整体配套推进。
--坚持资源共享和开放集成相结合。科研机构要面向企业和社会开放，加强科技资源共享，注重与国内外科研机构的合作交流，充分利用国内外研究力量，推动科研机构创新发展。
二、深化科研机构改革创新发展机制
（四）按照符合社会主义市场经济发展的要求，从政策和资金两个方面进一步加大支持力度。创造更加有利于科研机构发展的良好环境，促进全区科研机构不断完善发展体制，创新发展机制，鼓励科研机构自主选择发展方向和发展模式，建立并不断完善现代科研院所制度。
（五）按照面向基层提高公共服务能力的要求，进一步调整社会公益类科研机构的发展布局，促进科研机构完善内部管理机制，鼓励社会公益类科研机构通过技术服务，投资技术衍生性企业获得收益，并将收益主要用于提高其公共服务能力。
（六）按照“各具特色、自主选择，成熟一个、启动一个”的原则，继续推动技术开发类科研机构实现企业化转制。建立产权明晰的法人治理结构，支持技术要素参与分配，建立股权激励机制，调动广大科技人员参与改革创新发展的积极性。
（七）对已实行企业化转制的科研机构要继续给予扶持性支持，在不断提高其成果转化和产业化能力的基础上，不断完善管理机制，提高为社会提供技术服务的能力；对暂不具备转制条件的科研机构，鼓励其调整发展方向，创造条件，推进改革。
（八）依据我区发展需要和产业优势，支持我区科研机构与国内外研究机构在疆建立合作机构，鼓励国家大院大所在疆建立分支机构，支持区属科研机构在市、县设立分支机构或新的合作组织，鼓励社会力量在疆兴办研究机构。
（九）引导科研机构为企业技术创新提供支持和服务，促进技术、人才等创新要素向企业研发机构流动，鼓励科研机构的科技从员以科技成果、知识产权等无形资产入股方式，参与创办科技型中小企业。
