（五）对超面积的宅基地应按照不同的历史阶段进行确权登记发证。1982年《村镇建房用地管理条例》实施前，农村村民建房占用的宅基地，在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大用地面积的，可以按现有实际使用面积进行确权登记发证；1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1987年《
土地管理法》实施时止，农村村民建房占用的宅基地，超过当时所在地县级以上人民政府规定的面积标准的，超过部分已按当时国家和省有关规定进行了处理，至今未扩大用地面积的，可以按实际使用面积进行确权登记发证；1987年《
土地管理法》实施后，农村村民建房占用的宅基地，超过当时地方性法规规定的面积标准的，按照实际批准面积进行确权登记。宅基地面积超过规定标准的，宗地图一律按实际占地情况绘制，并标明实际超占位置；无法标明实际超占位置的，应当注明实际超占面积。同时，在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明超过标准面积的数量，待以后分户建房或现有房屋拆迁、改建、翻建、政府依法实施规划重新建设时，按有关规定作出处理，并按现行地方性法规规定的面积标准重新进行确权登记。同一住宅既有宅基地又有旱田、水浇地、果园、设施农用地、仓储用地等其他用途土地的，也应确定为一宗地，但需按批准文件，或者所在地政府及集体经济组织的有关政策规定，分别在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明其中宅基地和其他用途土地的面积等相关信息。农村村民建房占用宅基地的时间，采取村民申报 -村民委员会核实-调查人员核查-公示征求意见 -乡（镇）政府监督盖章的方式确认。
（六）分类妥善处理违法占用的宅基地和集体建设用地。严禁通过土地登记将违法宅基地和集体建设用地合法化，违法占用的宅基地和集体建设用地必须依法依规处理后方可登记。1982年《村镇建房用地管理条例》实施后，违法占用的宅基地、集体建设用地，符合土地利用总体规划、村庄和集镇规划的，经集体经济组织同意，由村民委员会出具证明并公告30天无异议的，参照历次土地市场治理整顿有关政策，按照当时法律法规规定处理，补办用地审批手续后，可以申请确权登记发证；对不符合土地利用总体规划、村庄和集镇规划的，以及农村村民一户骗取批准的第二宗宅基地，城镇居民在农村违法购买、建造的宅基地，以兴办 “乡（镇）企业”、 “乡（镇）村公共设施和公益事业建设”为名非法占用（租用）农民集体所有土地进行非农业项目建设，“以租代征”非法使用农民集体所有土地进行非农业项目建设的，只统计备案，不予登记，逐步分类处理。
