社会保险经办机构负责城乡居民医疗保险的组织实施、扩面征缴、信息化建设和管理、待遇支付、对定点医疗机构的监督管理等工作。
原新型农村合作医疗办公室经办机构并入同级社会保险经办机构，其原有职能不变，作为社会保险经办机构的内设机构，具体负责本区域内城乡居民医疗保险工作的宣传发动、业务咨询、参保登记、费用征缴、医疗费用的初审和报销等相关工作。各县（市、区）社保经办机构向各镇（街道）派出专职审核员，核报参保人住院医疗费用。
镇（街道）人力资源和社会保障服务所（原劳动保障事务所）的主要职责：对城乡居民医保报销凭证进行审核、造册登记，参保人员基本情况电脑录入、网上结报、统计等相关工作；处理日常工作及业务咨询；完成上级城乡居民医保主管部门交办的其它工作。
各村委会指定一名城乡居民基本医疗社保协理员。负责本村城乡医保的组织、宣传、发动和指导工作，并及时将收缴的城乡医保费存入基金财政专户。
第三十五条 发展改革部门负责将城乡居民医疗保险工作纳入国民经济和社会发展规划。
第三十六条 公安部门负责会同有关部门制定居民户籍信息与生存信息的管理制度，及时提供城乡居民医疗保险所需的户籍信息与生存信息。
第三十七条 财政部门负责做好城乡居民医疗保险基金的监督，负责国有资产管理，将医保经办管理人员经费和信息系统建设、维护以及启动等各项经费列入财政年度预算。
第三十八条 审计部门负责依法对基金收支情况进行审查监督。
第三十九条 卫生部门负责加强对医疗机构的行政管理，加快卫生服务建设，规范诊疗行为，为参保人员提供优质医疗服务。
第四十条 教育部门负责做好在校学生的参保组织工作。
第四十一条 民政部门负责做好基本医疗救助制度与城乡居民基本医疗保险制度的衔接，及时向社会保险部门提供低保对象、低收入家庭中60周岁以上的老年人和未成年人、农村五保户以及低收入重病患者的名单，保证基本医疗救助金的及时拨付。
第四十二条 食品药品监督管理部门负责药品和医疗器械的质量监管工作。
