第五条 结算基金会计核算年度为每年1月1日至12月31日。
第六条 省级财政部门在现有省级社会保险基金财政专户中指定一个银行账户用于核算结算基金（以下简称省级财政专户）。各县市区归集的结算基金全部纳入省级财政专户，实行“封闭运行、收支两条线、分账核算”管理。
第七条 省新农合结算中心应设置会计管理机构，配备取得会计从业资格证书的专职财务会计人员。财务会计人员应按照基金财务管理办法等相关规定做好财务管理和会计核算工作。财务会计人员发生变更时，应按照有关规定做好交接工作。
第二章 结算基金归集
第八条 年度终了前，省级卫生行政部门按照省级财政部门规定的表式、时间和编制要求，根据本年度结算基金计划执行情况和下年度影响基金收支的相关因素，编制下年度结算基金归集额度计划，于1月31日前报省级财政部门审批。
第九条 经审批确认的年度结算基金归集额度计划由省级财政部门和卫生行政部门下达到各县市区，各县市区按照计划额度和时间要求将结算基金归集上交到省级财政专户。遇特殊情况需调整归集额度时，省级卫生行政部门要及时编制调整方案，报省级财政部门审批。
第十条 省级财政部门和卫生行政部门应加强结算基金计划执行情况的监控，发现问题及时采取措施解决。省新农合结算中心要认真分析基金的收支情况，分季度向省级卫生行政部门和省级财政部门报告基金计划执行情况。
第十一条 结算基金采取“当年全额归集，次年据实结算”的办法上交。各县市区财政部门按照年度归集额于每年4月底前一次性将结算基金上交至省级财政专户。县市区财政未按规定及时足额上交的，省级财政部门相应缓拨该县市区省级财政补助资金。
第十二条 结算基金归集额测算办法：某县当年应归集结算基金＝某县上年度省级定点医疗机构补偿资金占上年度新农合筹资总额比例（%）×本年度筹资总额±上年度结算基金结余额。
