第十二条 现代农业生产发展资金使用应区分轻重缓急，针对制约现代农业发展的瓶颈问题和薄弱环节，对每项优势主导产业选择1-2个关键环节给予重点支持。具体环节由每年度发布的现代农业生产发展资金编报指南确定。
第十三条 各级财政部门对农民等项目受益主体给予直接补助的，应主要采取民办公助、以奖代补、先建后补等形式，充分调动农民积极性。
第十四条 各级财政部门对农业产业化龙头企业的支持，必须以农民为受益主体，以农业产业化龙头企业直接带动农民增收的农产品生产基地为主要内容，以贷款贴息、先建后补或以奖代补为主要方式，尽量减少对企业的直接、无偿投入。对单个农业产业化龙头企业支持额度超过100万元的，应在项目实施方案中单独列示资金的补助方式及具体用途等内容。
第十五条 现代农业生产发展资金不得用于平衡预算、偿还债务、建造办公场所、建设车间厂房、改善办公条件、购置车辆、购买通讯器材、发放人员工资补贴等与主导产业发展无关的支出，不得用于建设农民群众不满意、没有推广价值的“示范园区”等形象工程，不得用于项目管理工作经费。
项目县（市、区）财政部门可根据工作需要，在本级财政预算中适当安排项目管理工作经费，用于项目规划编制、可行性研究、工程设计、招标代（监）理、工程勘察、业务培训等方面的支出。
第十六条 项目县（市、区）财政部门应建立现代农业生产发展资金专账，实行专账管理，确保专款专用。现代农业生产发展资金原则上实行国库集中支付制；暂未实行国库集中支付改革的地方，实行县级财政报账制。
现代农业生产发展资金的使用按工程类、货物类、服务类和补贴类实行分类管理。
工程类项目：（1）建设单位、项目实施单位应编制项目预算，并送交县级财政部门投资评审中心审核，作为项目资金支付的基本依据。（2）工程项目开工时，县级财政部门可依照合同预付不超过财政投入30%的资金给项目施工单位，作为项目启动资金。项目实施后，不再预付工程款，根据合同及工程进度、质量，实行国库集中支付或财政报账。
货物类项目：（1）达到政府采购标准的设备、材料、物资等，应按政府采购程序实行集中采购，直接支付。（2）未达到政府采购标准的设备、材料、物资等，由项目建设单位或项目实施单位提出采购申请，并将需要集中采购的材料、品名、规格、数量等报县级财政部门，经过审核批准后组织采购；县级财政部门凭材料物资采购支出的原始发票和附件及实施单位的领用手续实行国库集中支付或财政报账。
