（三）建立水功能区限制纳污制度。
确定各水功能区的纳污能力和纳污总量控制指标，建立纳污总量控制制度和污染物入河总量控制制度。在完成重要河流水库水功能区基本情况调查的基础上。2012年年底前，基本完成水功能区监测评估体系建设任务，加大水质监测力度。各县（市、区）要按照主要水功能区达标目标要求，完成限制排污总量年度分解，并逐级分解落实，逐步实现水功能区达标率和限制排污总量双控制。
（四）加强水资源监控能力建设。建立准确、完善的水资源基础数据体系，准确掌握水资源开发利用情况。划定水源地及上游保护区范围，减少面源污染，杜绝污水排入。严格控制地下水超采，多途径涵养地下水，加强地下水补给。用3年时间，基本建立与用水总量控制、用水效率控制和水功能区限制纳污控制相适应的三大监控体系。建成省、市、县三级水资源监控信息平台，形成与实行最严格水资源管理制度相适应的水资源监控能力，支撑水资源管理考核工作。
四、建立健全水利工程建设与管理的体制机制
（一）建立水利基层服务体系。
在2012年年底以前，各县（市、区）要逐步构建起以县级水务部门为主导、乡镇水利服务机构为核心、城乡供水和农民用水户协会等组织广泛参与的基层水利服务体系。
（二）建立健全项目审批制度。
在城市总体（片区）建设规划、开发区和工业园区的规划编制过程中，要对水资源进行充分论证。新建、改建、扩建建设项目，需要取水或者改变其取用量的，建设单位应当在报送项目建议书之前，向水务部门提出取水许可预申请。经审查同意的取水许可预申请，其取水量额度供建设项目立项使用。对取用水资源的建设项目，各级发展改革部门要把水资源论证作为项目审批、核准和开工建设的前置条件，未进行水资源论证或论证未通过的，发展改革部门不得审批、核准该项目。要进一步强化生产建设项目水土保持监督管理，在山区、丘陵区、风沙区以及水土保持规划确定的容易发生水土流失的其他区域开办可能造成水土流失的生产建设项目，生产建设单位应当编制水土保持方案，由水务部门批准。严格执行建设项目中的水土保持设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用制度。依法应当编制水土保持方案的生产建设项目，生产建设单位未编制水土保持方案或者水土保持方案未经水行政主管部门批准的，生产建设项目不得开工建设。在洪泛区、蓄滞洪区内建设非防洪建设项目，应当就洪水对建设项目可能产生的影响和建设项目对防洪可能产生的影响作出评价，编制洪水影响评价报告，提出防御措施。建设项目可行性研究报告按照国家规定的基本建设程序报请批准时，应当附有水行政主管部门审查批准的洪水影响评价报告。在蓄滞洪区内建设的油田、铁路、公路、矿山、电厂、电信设施和管道，其洪水影响评价报告应当包括建设单位自行安排的防洪避洪方案。建设项目投入生产或者使用时，其防洪工程设施应当经水行政主管部门验收。建设跨河、穿河、穿堤、临河的桥梁、码头、道路、渡口、管道、缆线、取水、排水等工程设施，应当符合防洪标准、岸线规划、航运要求和其他技术要求，不得危害堤防安全，影响河势稳定、妨碍行洪畅通；其可行性研究报告按照国家规定的基本建设程序报请批准前，其中的工程建设方案应当经有关水行政主管部门根据前述防洪要求审查同意。工程设施需要占用河道、湖泊管理范围内土地，跨越河道、湖泊空间或者穿越河床的，建设单位应当在有关水行政主管部门对该工程设施建设的位置和界限审查批准后，方可依法办理开工手续；安排施工时，应当按照水行政主管部门审查批准的位置和界限进行。
（三）建立健全水土保持、占用水利设施和水域补偿制度。
