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（三）自然生态保护处
负责全市生态文明建设工作的指导协调、组织、监督、考核工作；负责生态市建设专项资金的申报与监管；负责指导、协调、监督检查自然保护区、生物多样性、野生动植物、湿地保护工作；负责协调开展农业和农村生态环境保护、农村面源污染整治，指导监督全市畜禽养殖污染治理和资源化利用工作；组织编制并督促落实生态保护、农村环境保护和生态功能区划规划；组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；组织指导生态县（市、区）、乡镇、村创建与生态农业建设工作；组织生态市建设目标责任制监督和考核，对县（市、区）党政领导班子和领导干部环保实绩进行评价。承担联系市生态办工作。
（四）污染防治与辐射管理处（挂污染物排放总量控制处、环境应急与事故处置办公室牌子）
负责水体、大气、噪声、光、辐射、振动、机动车等污染防治工作；指导、监督土壤、固体废物、有毒化学品、新化学物质、海岸工程、拆船等环境保护污染防治工作；统筹协调全市重点流域、区域、海域污染防治工作，指导、协调和监督海洋环境保护工作；组织拟订污染防治制度、污染防治规划和计划、相关技术规范和技术经济政策并监督实施；组织制定并监督实施环境保护规划和环境功能区划；参与制定本市国民经济与社会发展规划和主体功能区规划；审核各类规划中涉及环境保护的内容；参与宏观经济形势分析；组织编制发布环境质量环境状况公报；监督管理饮用水源地环境保护工作；组织指导城镇环境综合整治工作，推进实施城市环境综合整治定量考核；负责开展国家环保模范城市创建、巩固和复评管理工作；组织实施跨行政区域河流交接断面水质考核管理等环境管理制度；组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警；组织实施企业环境行为评价和环境信用等级评定工作，指导开展强制性清洁生产审核工作；负责组织排污申报登记和污染限期治理工作。
监督管理核技术应用、电磁电离辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作；组织拟订辐射环境保护规划、制度并监督实施；组织开展辐射环境质量监测；负责辐射项目审批、竣工验收和核发辐射安全许可证；承担辐射环境、放射性废物管理工作；负责对从事放射性同位素与射线装置生产、使用、销售单位放射性安全的监督管理工作；组织辐射环境和核应急监测体系建设工作；负责辐射环境应急与事故处置工作，组织拟订和实施辐射事故应急预案，指导、协调、督查核应急各专业组的应急工作。
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