制订全市中医事业发展规划和年度计划并组织实施；负责对中医药人员和中医、中西医结合机构执业资格的认定；组织开展中医药文化的继承、传播和发展，推动中医药科普知识普及；负责协调管理台州市医学会、护理学会、中医药学会等社会团体和市级各医疗、医技质控中心的工作。
负责全市医疗卫生新技术、新项目的审批；制订全市卫生科技和教育发展规划及年度计划并组织实施；组织和指导全市医学重点研究学科的建设；规划并组织实施全市继续医学教育；负责重大科技成果的评审和科技成果的转化推广；指导全市医学科教机构的业务建设。
研究制订全市妇幼保健的发展规划并监督和指导规划实施；负责组织实施《中国妇女规划纲要》、《中国儿童规划纲要》和全市妇幼保健规划，监督管理母婴保健专项技术服务工作；与计划生育部门配合，根据各自职责，共同做好计划生育技术服务的监督管理工作。
会同卫生监督与疾病控制处共同做好《
执业医师法》、《
献血法》、《
医疗机构管理条例》、《
浙江省发展中医条例》等的监督执法工作。
承担市保健委员会办公室的日常工作；组织拟订市干部保健工作规划，研究制定市干部保健工作有关制度、干部医疗保健方案并组织实施；负责来台州的中央、省领导、知名人士、重要外宾的医疗保健工作；负责市保健委员会确定的保健对象的医疗保健、健康检查工作；承担国际性、国家、省、市重大活动和大型重要会议等医疗保障任务；负责对各保健基地医院的有关干部医疗保健工作进行检查和指导；负责对各县（市、区）干部保健工作的指导。
（四）卫生监督与疾病控制处（挂公共卫生应急处理办公室牌子）
指导规范卫生行政执法工作，依法负责职业卫生的监督管理；按照职责分工负责放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；负责传染病的防治监督；负责医疗服务市场的依法监督，组织查处违法违规行为；承办重大疑难卫生违法案件。
拟订全市重大疾病防治规划、免疫规划和实施严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；会同有关部门完善全市疾病预防控制体系，预防和控制疾病的发生和疫情的蔓延；组织实施重大公共卫生服务项目。
