1、镇级：参合人员在镇级定点医疗机构住院治疗，住院费用可补偿部分减起付线400元后，按80%比例补偿，保底补偿标准为75%。
2、县级：参合人员在县级定点医院和外出务工地医院（镇以上）住院治疗，住院费用可补偿部分减起付线600元后，按60%比例补偿，保底补偿标准为55%。
3、省（市）级：参合人员在市级定点医院、市外医院（正常转诊）住院治疗，住院费用可补偿部分减起付线800元后，实行分段补偿，市级定点医院保底补偿标准为40%，分段补偿标准如下：可补偿费用≤10000元部分，按45%比例补偿；可补偿费用10000～50000元部分，按55%比例补偿；可补偿费用50000元以上部分，按60%比例补偿。
4、非急危重症病例、择期手术等一般病人，未办理转诊手续，直接到省、市级定点医院或市外其他医院住院治疗，视为非正常转诊，住院费用可补偿部分减起付线800元后，按30%比例补偿。
5、纳入限额收费、定额补偿以及农村重大疾病、儿童重大疾病医疗保障范围的住院病人，在市、县、镇三级定点医疗机构住院治疗，实行限额收费、定额补偿，执行省、市制定的限额收费、定额补偿标准。
（四）不享受新农合补偿的情况
1、使用的药品或者诊疗项目未列入新型农村合作医疗报销药物目录或者诊疗项目目录的，但实行按病种定额付费的除外；
2、按照规定应当由工伤或者生育保险基金支付医药费用的；
3、应当由第三人负担医药费用的；
4、应当由公共卫生负担的；
5、境外就医的；
6、因故意犯罪造成自身伤害发生医药费用的；
7、因美容、整形等非基本医疗需要发生医药费用的；
8、国家和省规定不予补偿的其他情形。
四、转诊与补偿
（一）转诊管理
1、参合人员在统筹地区镇、村定点医疗机构门诊就诊和县、镇二级定点医疗机构住院治疗，实行自由转诊，不需办理转诊手续。
2、参合人员需要到省、市级定点医院或市外其他医院住院治疗者，应先行办理转诊手续，由转出医院（县以上）出具转诊证明，并在县级经办机构办理备案手续。
3、急危重症病人，因病情危急，未能提前办理转诊手续，直接到市级以上定点医院或其他市外医院抢救治疗的，应于入院7日内，凭救治医院出具的急危重症证明，到县级经办机构补办转诊手续，逾期未办理转诊手续者，按非正常转诊处理。
4、未办理转诊手续，直接到市级以上定点医疗机构或其他医疗机构住院治疗的，按非正常转诊处理。
