第一、中小企业分类指导目标不够清晰，政策聚焦力度还需加强。中小企业量大面广，个体差异大，传统计划经济条件下的管理或服务模式无法有效发挥作用，对中小企业的指导服务存在“一刀切”现象。如，对初创型的小型微型企业扶持还不够突出，对成长型中小企业的政策聚焦力度还不大。
第二、社会化服务有“短腿”，综合服务有“死角”。政府与企业之间信息不对称现象仍不同程度存在，市、区县服务机构仍不够健全，综合服务不配套，有关政府职能部门还需进一步形成合力。
第三、中小企业员工收入水平还不高，体现调节收入的分配作用还不够。中小企业人员流动性大，员工收入水平整体上还不高，特别是对调节、提升上海从业人员收入分配的作用有待进一步加强。
第四、中小企业统计数据不完全，应对分析不及时。现行的统计方法难以及时全面反映上海中小企业发展的现状，部分新兴行业尚未纳入统计渠道，加上没有专门的中小企业统计体系和统计网络，造成中小企业数据反映滞后，数据偏差较大。
二、“十二五”发展环境和趋势
“十二五”时期上海中小企业发展面临重大机遇和严峻挑战。
从国际情况看，国际金融危机影响深远，全球经济增速减缓，需求结构出现明显变化，各国为解决自身的就业等问题采取贸易保护政策，国际贸易摩擦进一步加剧，对上海中小企业特别是出口型中小企业的发展将带来严重影响。但外部经济形势的持续低迷也为优秀中小企业引进海外人才、技术、设备以及开展海外并购提供了良好机遇。
从国内情况看，我国经济仍处于平稳较快发展的时期，城镇居民收入水平持续提高，将为中小企业提供更加广阔的国内市场。在扶持中小企业发展方面，国务院制订了《关于
进一步促进中小企业发展的若干意见》、《
关于鼓励和引导民间投资健康发展的若干意见》、《关于进一步促进小型微型企业健康发展的意见》等一系列政策性文件。随着国家对中小企业工作的日益重视，还将陆续推出更加完善、更具力度、更便于操作的政策举措。但另一方面，由于原辅材料价格波动加剧、人民币连续升值以及劳动力成本持续上升，将给中小企业经营带来压力。
从上海情况看，国家进一步支持上海加快“四个中心”建设，上海经济结构转型及长三角一体化进程加快，城市辐射作用增强，将为企业发展提供广阔的市场空间。市人大常委会审议通过了《
上海市促进中小企业发展条例》，市政府制定了《贯彻国务院关于进一步促进中小企业发展若干意见的实施意见》》、《关于本市鼓励和引导民间投资健康发展的实施意见》等一系列政策文件，全覆盖的中小企业服务网络体系初步建成并不断完善，将为中小企业的发展营造更加良好的环境。同时，国家在上海率先开展营业税改征增值税试点工作，将从制度层面解决影响服务业发展的税收瓶颈问题，有利于减少营业税重复征收，增强服务业竞争能力，为中小企业转型发展提供有力保障。但受资源环境约束进一步趋紧、商务成本持续攀升等因素影响，上海中小企业将比外省市中小企业率先面临转型和结构调整的巨大压力。
