根据上述职责，沙河高教园区管委会设3个内设机构。
（一）综合科
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担信息、信访、议案、建议、提案、安全、保密、政府信息公开、电子政务、宣传和接待联络等工作；负责重要文稿的起草工作；承担重要事项的组织和督查工作；负责机关及所属事业单位的组织、人事、机构编制、离退休、财务、资产管理、内部审计和后勤保障等工作；负责党风廉政建设和纪检监察工作。
（二）高校服务办公室
负责联系驻昌高校，建立畅通的信息沟通渠道；督促沙河高教园区规划范围内的高等院校按规划建设；负责协调驻昌高校之间、驻昌高校与企业之间、驻昌高校与社会之间、驻昌高校与职能部门之间的关系，促进高等院校教育资源共享，搭建政府服务驻昌高校平台，为区域经济发展和构建产学研一体化区域创新体系构筑信息平台；协调入驻高校后勤服务等工作。
（三）规划建设与管理科
负责沙河高教园区总体规划、控制性详细规划的编制、报批及组织实施工作；负责编制、实施年度基本建设计划；负责工程技术、工程质量和建设进度的监督，协助有关部门开展工程建设的执法检查工作；负责完成征地、拆迁工作；协助有关部门进行农民转非安置和农民搬迁楼规划建设工作；协调有关部门逐步完善公交、医疗、商业、金融、邮政、通讯等配套服务设施；协调并参与沙河高教园区及周边综合整治工作。
纪检、监察机构按有关规定设置。
四、人员编制
沙河高教园区管委会机关行政编制10名（含纪检、监察编制）。其中：主任1名，副主任2名；科级领导职数3正1副。
五、其他事项
（一）社会力量办学单位（民办学校）党组织的思想、组织建设和党员队伍建设仍由中共北京市昌平区委教育工作委员会承担。
（二）按照归口管理的模式，中共北京市昌平区委教育工作委员会负责沙河高教园区管委会的党建工作。
（三）所属事业单位的机构编制事项另行规定。
六、附则
本规定由北京市昌平区机构编制委员会办公室负责解释，并对本规定的执行情况进行监督检查和评估；其调整由北京市昌平区机构编制委员会办公室按规定程序办理。
