（一）根据《财务制度》规定，医院应按月计提医疗风险基金，专门用于支付医院购买医疗风险保险发生的支出或实际发生的医疗事故赔偿的资金。医院累计提取的医疗风险基金比例为当年医疗收入的3‰。
（二）年末，医院对结余进行分配时，可按照不高于40%的比例提取专用基金-职工福利基金，其余转入事业基金。具体比例由各医院自行确定，并报卫生主管部门（或举办单位）备案。
（三）医院应加强对职工福利基金和医疗风险基金的管理，统筹安排，合理使用。对于职工福利基金和医疗风险基金滚存结余较多的医院，可以适当降低提取比例或者暂停提取并报同级卫生行政部门备案。
六、新旧制度衔接
（一）开展资产清查工作
在进行新旧制度衔接前，应根据《北京市医疗机构资产清查工作实施方案》（京财社〔2011〕2709号）对医院的现有资产、负债和净资产进行全面清查、盘点和清理。按照分级管理体制，由各级财政部门及卫生主管部门（或举办单位）牵头组织具有资质的中介机构对本级政府举办的公立医院开展资产清查工作，出具清查报告。
（二）对资产清查结果予以确认
1.对清查出的账龄超过三年、确认无法收回的应收医疗款，药品及库存物资盘盈、盘亏、毁损，固定资产盘盈、盘亏，以及应确认而未确认的资产、负债，经中介机构确认，报经卫生主管部门（或举办单位）及财政部门审批后，医院应按照原制度规定进行处理。
2.根据《财务制度》对固定资产确认标准的规定，经中介机构审计，对医院现有固定资产进行确认，对不符合固定资产确认标准的资产确认为存货，并按照存货管理规定进行实物管理。其中不构成相关硬件不可缺少组成部分的应用软件应从原有固定资产中划出，确认为无形资产。
经重新核实与划分，对符合固定资产确认条件的资产（除图书以外）应按照《财务制度》折旧年限表的规定计提折旧，对确认的无形资产计提摊销。
3.新制度取消药品进销差价后产生的药品账实之间的差异，应及时报经卫生主管部门（或举办单位）及财政部门批准后核销。
七、其他
（一）三级医院须按规定设置总会计师，其他医院可根据实际情况逐步到位。凡设置总会计师职位的医院，不再设置与总会计师职权重叠的行政领导。其他部门和区县所属医院可参照北京市卫生局《总会计师管理办法（试行）》（京卫财字〔2011〕2号）规定执行。
