直接计入成本包括：人员支出、卫生材料、药品、固定资产折旧、无形资产摊销（可以直接计入的部分）、其他费用中的差旅费、培训费、办公费、印刷费、手续费、邮电费、因公出国（境）费等可以直接计入的费用，按科室性质直接形成的医疗业务成本、管理费用。
对于无法直接计入的支出，医院应根据重要性、可操作性等原则，将相关费用按照一定标准分配计入医疗业务成本、管理费用，具体包括：提取医疗风险基金、其他费用中的水费、电费、供暖费、物业管理费、工会经费、福利费等支出。
无形资产摊销和其他费用中不能作为责任科室的直接成本，应纳入管理费用统一核算。
三、资产管理
（一）坏账准备的计提和坏账损失的确认
1.医院对应收及预付款项要加强管理，定期分析、及时清理。按年计提坏账准备，及时确认坏账损失。
2.医院应采用应收账款余额百分比法计提坏账准备，其累计计提的坏账准备不应超过期末应收医疗款和其他应收款科目余额的4%。区县财政部门也可根据实际情况调整本区县所属医院坏账准备具体提取比例。
3.对账龄超过三年，确认无法收回的应收医疗款和其他应收款可作为坏账损失处理。对应收医疗款形成的坏账损失，医院要查明原因，分清责任，报经院办公会批准后在坏账准备中冲销，并于次年1月底前报同级卫生主管部门（或举办单位）及财政部门备案。对其他应收款形成的坏账损失，经过清查，医院应按照《
北京市行政事业单位国有资产处置管理暂行办法》（京财绩效〔2009〕2817号）的规定，报经卫生主管部门（或举办单位）及财政部门批准后进行处置。
4.医院因违反医疗保险制度规定被医疗保险机构拒付而不能收回的应收医疗款，应及时确认为坏账损失。
5.医院收回已经核销的坏账，增加坏账准备。
（二）存货管理
1.存货要按照“计划采购、定额定量供应”的办法进行管理。合理确定储备定额，定期进行盘点，年终须进行全面盘点清查，保证账实相符。
2.出现盘亏、变质、毁损等情况，应当及时查明原因，予以处理。对于不超过存货总金额1‰的盘亏、变质、毁损等情况，分清责任，报经院办公会批准后进行核销，并于次年1月底前报卫生行政部门及财政部门备案；对超过存货总金额1‰的盘亏、变质、损毁等情况，医院应按照《
北京市行政事业单位国有资产处置管理暂行办法》（京财绩效〔2009〕1125号）的规定，报经卫生主管部门（或举办单位）及财政部门批准后进行处置。
