市财政局负责按照现行财政管理体制和部门预算管理要求，协调落实各有关部门和单位用于轨道交通控制保护区安全管理资金，并加强对资金使用情况的监督检查。
市国土局负责加快办理轨道交通站前广场、桥下空间、P＋R停车场等配套设施用地审批手续。同时，协调支持轨道交通业主单位申报办理相关用地手续。
市规划委负责对跨越、穿越城市轨道交通设施（车站、区间）地下结构或进入轨道交通地面权属用地范围的建设项目进行规划审批，并在规划许可前征求轨道交通管理部门意见。对于轨道交通运营单位在轨道交通所属用地范围修建与轨道交通运营密切相关的房屋设施时，简化审批手续。
市住房城乡建设委负责按照基本建设程序依法对轨道交通保护区内的建筑进行审批，加强建设过程中的质量安全管理，对保护区内违法建筑工程依法进行查处。
市市政市容委负责会同地下管线行业主管部门，督促地下管线权属单位加强对轨道交通控制保护区范围内地下管线、输油气地下管道的巡查维护；遇地下管线突发事件，及时组织相关部门、地下管线权属单位和轨道交通运营企业进行抢修。
市交通委负责城市轨道交通运输安全及基础设施安全的监督管理，监督、督促轨道交通运营单位加强对控制保护区内的管理工作；负责协调开展城区轨道交通车站附近非法营运车辆的查处工作，指导远郊区县交通部门开展相关远郊区县轨道交通车站附近非法营运车辆的查处工作；按照《
北京市城市轨道交通安全运营管理办法》规定，对在城市轨道交通控制保护区内、未制定安全防护方案或未征得城市轨道交通运营单位同意进行作业施工的单位，依法进行处罚。
市水务局负责监督、协助、指导做好轨道交通控制保护区内以及在控制保护区外可能危及轨道交通运营安全的防汛工作。
市质监局负责对轨道交通特种设备依法实施安全检查，按照安全技术规范要求开展特种设备检验检测；协助开展特种设备引起的突发事件应急处置工作。
市安全监管局负责轨道交通控制保护区安全生产的综合监督管理工作。会同市交通委组织协调处理轨道交通控制保护区重大安全问题。
市园林绿化局负责对轨道交通控制保护区内树木进行有效维护和管理；对轨道交通沿线可能影响运营安全的树木，会同轨道交通运营单位召开专家论证会，确定是否需要改移或更换树种；轨道交通桥下绿化应按照规划部门批准的绿化用地范畴及要求实施，充分考虑轨道交通运行安全。对于轨道交通养护维修作业需临时占用园林绿化用地时，为其提供支持，并加快审批。
