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（三）核查阶段（2012年6月-7月）
主管地方税务局要本着“全面比对，重点核查”的工作原则，对辖区内的两税纳税人进行核查。
1、各市地税局应从测绘、国土、房管等部门取得辖区内房产和土地的信息。
2、重点开展三个层次的比对：一是对纳税人自查填报的各信息项目间的逻辑关系进行比对；二是将纳税人自查填报的信息与2011年房产税、城镇土地使用税入库信息进行比对；三是将测绘、国土、房管等部门提供的信息，与纳税人自查填报的信息进行比对。
通过上述比对， 重点查找以下问题：一是应登记未登记，应变更未变更，登记数据不实的情况；二是应缴未缴税和未足额缴税等问题。将有问题企业列入待核查企业目录，并对待核查企业进行分类处理，对事实清楚、问题简单的企业，税源管理岗应督促企业及时改正，补缴各项税款。对涉税情况复杂或税企双方存有争议的情况，应及时转入日常评估工作流程，按流程要求进行相应处理。
3、开展实地核查。主管地方税务局在全面比对的基础上对下列房产和土地进行实地核查：
房产税：城乡结合部、大型工矿区、各类开发区和园区、繁华商业区等区域内的企业；房产数量多、原值高的大型制造业企业、大型仓储业企业、利用地下建筑进行经营的企业、大型商场、市场和写字楼等重点企业；工程尚未决算但已经投入使用的新建房产、近期改扩建增加房产原值的房产、无租使用的房产、无产权证的房产、未入账的房产等重点房产。
城镇土地使用税：城乡结合部、大型工矿区、各类开发区和园区；占地面积较大的企业；房地产开发企业；利用集体土地进行生产经营的企业；计税依据不清楚的企业；已办理了土地使用证，但实际占用面积明显超出土地使用证记载面积的企业。
4、重点核实以下情况：一是根据财税〔2005〕181号文件，自用地下建筑及与地上房屋相连的地下建筑是否按规定纳入房产原值计征房产税；二是根据国税发〔2005〕173号文件，房屋附属设备和配套设施是否按规定计入房产原值计征房产税；三是根据财税[2009]128号文件， 单独建造的地下建筑用地是否按规定征收城镇土地使用税；四是根据财税[2010]121号文件，土地原值是否按规定计入房产原值计征房产税；五是房地产企业拥有的开发（包括在开发和未开发）用地，是否按规定申报缴纳城镇土地使用税；六是开发的商品房在出售前已使用或出租、出借的，是否按规定申报缴纳房产税；七是通过对同时期、同结构房产建造成本相互比对，核对企业上报房产原值是否明显偏低；八是纳税人提供的租赁价格是否符合市场公允价格。
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