（八）协助市水务行政主管部门负责南水北调来水水量调蓄、配置和利用；负责南水北调来水水质监测。
（九）协助、配合国家有关部门对市南水北调干线工程的监督检查和稽察工作。
（十）负责市南水北调工程建设中环境保护、生态建设等重大问题的协调，参与指导、监督市南水北调工程项目内文物保护工作。
（十一）承办国务院南水北调工程建设委员会办公室、市政府及北京市南水北调工程建设委员会交办的其他事项。
二、内设机构
根据上述职责，市南水北调办设8个内设机构。
（一）综合处。
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、建议、提案、保密、安全保卫、车辆、固定资产、后勤保障及信息化建设等工作；承担重要文稿的起草工作；承担重要事项的组织和督查工作。
（二）政策法规处。
负责机关推进依法行政综合工作；起草市南水北调配套工程建设与管理方面的地方性法规草案、政府规章草案；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担行政复议、应诉的有关工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作；协调市南水北调工程建设及运行管理中涉及的相关水事纠纷。
（三）投资计划处。
研究提出市南水北调工程有关投资调整建议；提出市南水北调配套工程年度开工项目及投资建议计划；组织研究市南水北调配套工程规划、项目建议书、可行性研究报告及初步设计等有关前期工作；组织实施市南水北调配套工程项目建设年度投资计划；组织拟订并实施市南水北调配套工程特许经营方案；负责工程投资综合统计。
（四）工程管理处。
负责市南水北调工程建设质量、施工安全、安全运行、供水安全的监督管理；承担工程突发事件的应急管理工作；组织市南水北调配套工程验收；监督检查市南水北调工程防汛度汛工作；组织市南水北调工程建设有关科研工作；组织拟订市南水北调工程建设的地方性技术标准；参与制定并组织实施市南水北调工程调水、配水计划。
（五）征地拆迁协调处。
组织协调市南水北调工程房屋征收、征地拆迁和专项设施迁建工作；监督征地拆迁资金的使用；组织拟订市南水北调配套工程征地拆迁的有关管理办法；组织编制征地拆迁工作年度计划、征地拆迁安置规划等；组织审核市南水北调工程征地拆迁项目初步设计报告；参与指导、监督工程项目内文物保护工作。
