（五）负责全县水资源保护工作。组织编制水资源保护规划，组织拟订全县主要江河水库水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导饮用水水源保护工作。指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。
（六）负责全县重大水事违法案件的查处，协调、解决水事纠纷；组织、指导水政监察和水行政执法。
（七）审查水利基建项目的项目建议书、可行性研究报告和初步设计；组织重大水利科学研究，负责水利科技成果管理及技术推广；组织拟订水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范，申报经批准后，负责监督实施。
（八）组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织、指导江河、水库、河口、滩涂的治理和开发。
（九）负责全县水利工程建设与运行的行业管理，组织实施具有控制性的重要水利工程建设与运行管理。组织开展水利行业质量监督工作，依法负责水利安全生产监督管理工作，组织、指导水库、水电站大坝及堤防的安全监管，指导水利建设市场的监督管理，组织实施水利工程建设的监督。
（十）指导全县农村水利工作。组织协调农田水利基本建设，指导农田灌溉节水排水、农村饮水安全及村镇供水等工程建设与管理工作，指导农村水利社会化服务体系建设。
（十一）负责水能资源和地方电力农村水电的行业管理，负责组织实施水电农村电气化和小水电代燃料建设工作。
（十二）负责防治水土流失。拟订全县水土保持规划并监督实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告，负责有关开发建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作，指导有关水土保持建设项目的实施。
（十三）在县人民政府的领导下，负责全县防洪的组织、协调、监督、指导等日常工作。组织开展水利行业质量工作，依法负责水利安全生产监督管理工作，组织、指导水库、水电站大坝及堤防的安全监管。
（十四）承办县人民政府交办的其他事项。
三、承担的行政审批事项
县水利局承担的主要行政审批事项共23项：其中行政许可事项15项，非行政许可审批事项8项，按《三江侗族自治县人民政府关于印发三江县行政审批事项目录的通知》（三政发〔2009〕16号）规定执行。
四、内设机构
