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卫生部门制定包括次均费用和总费用增长率、住院床日以及药占比等指标的医疗控费考核评价体系，加强对医疗机构和医务人员医疗行为的考核，将考核结果纳入公立医院目标管理责任制，并作为绩效考核、医院等级评审的重要指标，及时查处为追求经济利益的不合理用药、用材和检查、重复检查等行为。对费用增长速度较快的疾病诊疗行为加强重点监控，控制公立医院提供非基本医疗服务。借鉴基本药物集中采购模式，开展药品带量采购和高值医用耗材集中采购。价格主管部门要加强医疗服务收费和药品价格监督检查。
（四）改革公立医院管理机制。推行政事分开、管办分开，强化卫生行政部门规划、准入、监管等全行业管理职能。研究探索采取设立专门管理机构等多种形式确定政府办医机构，由其履行政府举办公立医院的职能，负责公立医院资产管理、财务监管、绩效考核和医院主要负责人的任用。各级卫生行政部门负责人不得兼任公立医院领导职务，逐步取消公立医院行政级别。新设立公立医院不再明确行政级别。合理确定公立医院内设机构和编制员额，并根据服务功能定位和事业发展需要，实行动态调整，加强公共卫生职能科室建设。
（五）建立现代医院管理制度。探索建立理事会等多种形式的公立医院法人治理结构，明确理事会与院长职责，构建决策、执行、监督相互分工、制衡的权利运行机制。公立医院功能定位、发展规划、重大投资、财务预决算、重大业务、章程拟定和修改等权限由政府办医机构或理事会行使。建立院长负责制和任期目标责任考核制度，落实公立医院用人自主权，实行按需设岗、竞聘上岗、按岗聘用、合同管理，推进公立医院医务人员养老等社会保障服务社会化。建立以公益性质和运行效率为核心的公立医院绩效考核体系，开展公立医院绩效考核工作，考核结果作为确定财政预算、院长聘用和奖惩、单位绩效工资总量核定的重要依据。健全以服务质量、数量和患者满意度为核心的内部分配机制，提高人员经费支出占业务支出的比例和医务人员待遇，院长及医院管理层薪酬由政府办医机构或授权理事会确定，严禁把医务人员个人收入与医院的药品和检查收入挂钩。完善公立医院财务核算制度，严格控制非业务支出，加强费用核算和控制。
（六）创新医院管理服务方式。大力推行临床路径，开展单病种质量控制，规范医疗行为。推广应用基本药物、适宜技术和中医中药，实施临床药师制度，规范抗菌药物等药品临床使用。围绕加强医院管理和实行电子病历，推进公立医院信息化建设。全面推行便民惠民措施，大力推广优质护理，加强节假日门急诊服务管理，优化服务模式和流程，开展“先诊疗、后结算”和志愿者服务。积极推进市级统一预约挂号平台建设，普遍实行预约诊疗，改善就医环境，缩短病人等候时间。发展面向县及乡镇医疗机构的远程诊疗系统。
（七）全面推进县级公立医院改革。“十二五”期间要把县级公立医院改革放在突出位置，以破除“以药补医”机制为关键环节，统筹推进管理体制、补偿机制、人事分配、采购机制、价格机制等方面的综合改革。加强以人才、技术、重点专科为核心的能力建设，巩固深化城市医院对口支援县级医院的长期合作帮扶机制，经批准可在县级医院设立特设岗位引进急需高层次人才，力争使县域内就诊率提高到90%左右，基本实现大病不出县。2015年实现县级公立医院改革阶段性目标。
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