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5、重大慢性病补偿比例：恶性肿瘤患者门诊放化疗、尿毒症患者门诊透析的大额门诊治疗的医疗总费用比照同级定点医疗机构住院补偿规定执行，每半年结报一次，资金从住院统筹基金中支出。
6、慢性病人门诊和住院补偿全年累计不得超过规定的年累计封顶线。
（三）住院医疗费用补偿
1、乡镇级医疗机构
（1）补偿原则：按“总额预算、定额包干、分期支付、包干总额不补，结余留用、绩效考核”的原则。
（2）补偿办法：实行按床日付费，既参合农牧民在乡镇卫生院住院期间，实行免费住院，费用按110元/人/天由新农合支付，（分娩补偿除外）。
2、县级及以上医疗机构
（1）起付线
县级定点医疗机构为100元，地（州、市）级定点医疗机构为350元，自治区级定点医疗机构为500元，地（州、市）级和自治区级非定点医疗机构为800元。区外当地卫生行政部门确定的定点医疗机构起付线与区内同级别定点医疗机构起付线保持一致，区外非定点医疗机构不予报销。不得随意取消起付线。
起付线以下为个人自付部分。参合农牧民在同一年度内在各级定点或非定点医疗机构多次住院的，起付线须重复计算（恶性肿瘤放化疗的参合患者除外）；因患同一种疾病连续转院治疗，不重复扣除起付线，但应扣足各级医疗机构起付线的级差金额。
区外定点医疗机构以当地卫生行政部门批准公布的名单为准。
（2）补偿比例
县级定点医疗机构80%，地（州、市）级定点医疗机构为55%，自治区级定点医疗机构为45%。在同级非定点医疗机构的补偿比例相应降低15个百分点，对未按规定程序办理转诊手续的参合农牧民的补偿比例相应降低20个百分点。
（3）封顶线
从2012年起，年度补偿累计封顶线定为7万元，包括常规住院补偿、分娩补偿、慢性病补偿、新生儿补偿、二次补偿等，以每位参合农牧民年内实际获得补偿金额累计计算。
（4）其他
1.中医民族医药补偿。参合农牧民在各级定点医疗机构就诊使用新农合目录内的中医民族医药、中医民族医适宜技术服务的费用，可在同等补偿基础上提高10个百分点进入补偿范围核算。
2.基本药物补偿。参合农牧民在县级定点医疗机构就诊使用新农合目录内的国家基本药物（基层部分）的费用，可在同等补偿基础上提高5个百分点进入补偿范围核算。
3.老年人和计划生育家庭补偿。农牧区65岁及以上老年人和领取计划生育“两证”的夫妇，对其参合后所发生的住院医疗费用补偿，可在同级别定点医疗机构同等补偿比例基础上提高5个百分点，此提高补偿比例的优惠政策不可同时享受。
4.属于五保户、低保户、重点优抚对象的农牧区65岁及以上老年人和领取计划生育“两证”的夫妇，可同时享受县级定点医疗机构零起付和补偿比例提高5个百分点的优惠政策。
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