（一）坚持以个人筹资和各级政府、财政、村集体扶持的筹资方式，同时鼓励社会团体和个人以多种形式参与。2012年每人筹资标准为440元，其中中央财政补助164元、自治区财政补助76元，县财政补助150元，参合农牧民自缴50元。
（二）低保户、五保户、1981年前退伍军人由县民政局审核后代缴农牧民个人合作医疗基金，农牧区计划生育“两证”家庭由县人口计生委审核后代缴农牧民个人合作医疗基金。
八、资金管理与使用
（一）新型农牧区合作医疗制度是针对广大农牧民基本医疗需求的保障体制，要坚持以大病补助为主的原则。
（二）基金分配。基金分三大类：住院统筹基金、门诊统筹基金、风险基金。参合农牧民个人缴费、中央及地方各级财政对参合农牧民的补助资金以及其他社会捐助资金全部纳入统筹基金。按30%门诊统筹基金、67%住院统筹基金和3%的风险基金进行统筹管理。统筹基金主要用于门诊补偿、慢性病补偿、住院（大病救助）补偿、住院分娩补偿。风险基金统一上交地区，其使用需经县新型农牧区合作医疗管理委员会申请，在地区财政部门的监督下方可开支。
（三）参合农牧民在县级医院、乡镇（场）卫生院、村卫生室门诊就诊治疗时，医疗费用均由定点医疗机构先行垫付，经乡镇（场）合管办当月审核汇总后，报县合管中心审批，经县财政局审核无误后从新型农牧区合作医疗基金专户中拨付。
（四）县外其他定点医疗机构住院参合农牧民的医疗费用，先由患者自行垫付，出院后三个月内，由本人（或委托人）将住院结算发票、住院清单、出院小结（疾病诊断证明）、转诊审批表、转诊转院通知书、住院病历首页复印件、合作医疗证复印件报县合管中心。经县合管中心审核、审批后，从住院统筹基金中予以补偿。持有慢性病卡参合农牧民在县级以上定点医疗机构门诊的医疗费用，先由患者自行垫付，每半年补偿一次。
（五）转诊、转院工作流程。根据自治区卫生厅《关于印发新疆维吾尔自治区新型农牧区合作医疗转诊转院暂行办法的通知》（新卫农卫发[2008]16号）文件要求。在县级定点医疗机构住院治疗的患者，因病情需要确需转往县外诊治的，必须经主管医生提出申请，填写《自治区新型农牧区合作医疗转诊转院审批表》，经科室主任或副主任医师以上医师提出初审意见，经本院新型农牧区合作医疗管理部门复核同意后，报县新型农牧区合作医疗管理办公室登记、备案并发放《自治县新型农牧区合作医疗转诊转院通知书》后，方可转往县外定点医疗机构救治。未经许可自行到县级以上定点医疗机构住院的，不享受所在定点医疗机构的优惠服务承诺。因特殊急危重症病人，可直接到县外定点医疗机构急诊救治，但需在入院后5个工作日内（节假日除外），由本人或家属电话通知到县新型农牧区合作医疗管理中心实行电话备案，并于7个工作日内将补办手续补交定点医疗机构。
