（六）负责进出港船舶靠离泊位的调度安排，会同海事管理机构实施港口内船舶通航管理，指导全港引航工作。
（七）承担国家港航行政规费征收、代征责任，会同有关部门监督管理港口和水路运输企业经营性收费项目和标准。
（八）负责港航信息的采集、统计、分析、报送和发布工作。
（九）负责港口安全生产监督管理和应急处置工作；负责港口危险货物装卸、堆存的监督管理；负责港口设施保安工作；参与港区治安、交通、消防、卫生等管理工作。
（十）承担港口信息化工作的规划、建设和管理责任；指导港口重大技术改造，组织港口大型机械设备的技术检测；指导港口、航运行业环境保护和节能减排工作。
（十一）组织、指导、监督全港港口、航道、水运、水运工程质量监督的行政执法工作，依法承担有关行政诉讼应诉职责。
（十二）组织开展港口物流业发展研究，推动多式联运发展；会同有关部门协调口岸查验单位优化港口通关环境，推动内陆腹地“无水港”建设发展。
（十三）负责港口对外交流工作，组织开展港口经济技术合作，联系国际港口协会，发展国际友好港口；组织制定对台通航发展规划和方案，指导港航企业发展对台通航具体工作，联系海峡两岸航运交流协会和台湾相关港航单位。
（十四）负责联系中国人民解放军驻厦门航务军事代表办事处，组织协调全港战备和军事运输工作，保障各项战备与军事运输任务的完成。
（十五）承办市委、市政府交办的其他事项。
三、机构设置
根据上述职责，厦门港口管理局设10个内设机构：
（一）办公室（厦门港交通战备与军事运输办公室）
协调局机关和直属单位政务工作，承担局机关内部规章制度建设工作；负责局综合性文稿的起草和重要会议的组织工作；负责上级机关和局决定的有关重大事项办理情况的检查督办工作，以及人大议案、代表建议和政协提案的办复工作；负责局政府信息公开及门户网站建设与维护工作；负责局政务信息、新闻宣传、文书档案、机要保密、机关效能、信访、接待等工作；承担港口战备和军事运输协调管理职能，联系中国人民解放军驻厦门航务军事代表办事处。
（二）政策法规与外事对台处
负责港航法律法规和中央对台航运政策的研究；组织拟订港航行业年度立法计划和局依法行政规划；组织拟订港航行业地方性法规、规章、政府规范性文件；负责局制定的规范性文件的审查、报备和解释；负责有关国际公约履约的指导、咨询工作；指导局执法队伍建设，监督局属执法机构开展行政执法工作，负责港航行政违法案件的立案审批；负责港航行政许可、备案项目的合法性审查、监督和协调；承办行政应诉工作；负责联系友好港口、国际港口协会，推动国际航运交流与合作；承办局工作人员因公出国（境）团组、外派国际职员外事手续的报批工作；组织拟订对台通航发展规划，指导辖区内港航企业对台航运谈判；承担海峡两岸航运交流协会和台湾相关港航单位的日常联系工作以及港航涉台事务的审查报批工作。
