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（四）关于证、账、地不相符的问题。在坚持完善二轮土地延包关系、承包地块及“四至”界限不变的前提下，对国土第二次全国土地调查面积与原承包地面积有差异的，采用入户实地勘测的方式确定面积，并将勘测后经农户认可的面积填入新颁发的承包经营权证和登记簿。原有的承包面积以附录的形式同时记录到登记簿上。
（五）关于二轮土地延包遗留问题。农村二轮土地延包以后，依法调整了承包土地，尚未完善承包手续的，集体经济组织要与承包农户补充完善承包手续；承包地块、面积、合同、证书不明确或未到户的，要落实到户；“四至”界限未明确或者有变动的，要据实复核，予以明确。因工作不实人为造成错填、错登的，要认真核实，予以纠正。
（六）关于自留地、园地等问题。本着尊重历史、实事求是的原则妥善处理自留地、园地等问题，凡已纳入承包地的继续作为承包地确权颁证。目前尚未纳入承包地的，本次暂不确权登记。
（七）关于退耕还林土地问题。农户承包地按相关规定已经退耕还林的，应按林地承包相关规定申请颁发林权证，不再列入登记范围。
（八）关于流转承包地的登记问题。转让、互换承包土地限于集体经济组织内部。农户之间进行了承包地互换、转让的，如果互换、转让以后的土地承包经营权没有纠纷，根据当事农户的申请，应按现占有土地的承包人进行确权登记。对存在纠纷的，先解决纠纷再进行登记。对于跨村民小组的承包地互换，双方村民小组经民主讨论同意互换的，可按互换后的承包关系登记；双方或一方村民小组不同意互换的，仍按互换前的承包关系登记。对以转包、出租、入股、抵押等方式进行承包经营权流转的土地，按原承包转出农户登记，不给受让方颁发农村土地承包经营权证，其流转关系继续履行农村土地承包经营权流转合同约定。
（九）关于农户改变土地农业用途的登记问题。对于农户未经国土资源等部门批准，自行在承包土地上盖房或者改作宅基地及其附属设施的，仍按农用承包地进行登记，计入承包地面积。对其擅自改变土地农业用途的行为，由国土资源等部门依法处理。农户经审批建房及其附属设施占用承包地的，不再列入确权登记范围。
（十）关于农户开垦荒地的登记问题。农户未经集体经济组织同意私自开垦的荒地，不在本次确权登记范围。
（十一）关于承包方分户的承包地登记问题。承包方分户的，按照分户以后各方对土地的占有现状进行登记，按所分户数颁发土地承包经营权证。对存在争议的，先由当事人解决争议再进行登记。
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