（一）指导思想
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，深化行政管理体制改革和医药卫生体制改革，坚持以人为本，牢固树立科学监管理念，坚持预防为主、标本兼治的工作思路，强化风险监管意识，采取最严厉的执法、监管、准入、处罚、问责措施，有效配置监管资源，条块结合，属地负责，依法全面履行政府监管职责，不断提高监管能力。以市场准入制度为切入点，以科学防范食品安全输入型风险和系统风险为重点，强化企业主体责任，建设与上海现代化国际大都市相符合的现代食品药品产业体系以及凝聚社会各界力量共同参与应对食品药品安全的群防群治新机制。
（二）基本原则
1.坚持统筹机制，科学合理布局。坚持把推进食品药品安全统筹协调发展作为当前和今后一段时期的一项重要任务。采取行之有效的措施，统筹食品药品产业发展，提高城市和郊区安全水平。优化资源配置，充分发挥食品药品监管各部门、各领域、各环节的作用，建立协同作战、齐抓共管的食品药品安全监管机制。
2.坚持以人为本，强化风险管理。把保障公众食品药品安全作为全部工作的出发点和落脚点，树立科学监管理念，坚持安全第一、服务至上的行政监管理念。依照国际通用的风险管理原则，完善监测网络，注重食品药品安全风险信息收集、分析和交流，开展食品药品安全风险评估，采取相应的风险管理措施，完善食品药品安全预警、交流和应急处置机制，提高食品药品安全监管能力和监管效能。
3.坚持依法行政，立足长效监管。按照“依法行政、合理行政、正当程序、高效便民、诚实守信、权责统一”的要求，履行监管职责。建立健全覆盖全程和重要监控环节的监管网络，把集中整顿与长效机制建设结合起来，健全食品药品安全法规体系和标准体系。
4.强化企业责任，倡导社会参与。强化食品药品安全企业主体责任，逐步形成“企业自我约束、行业自律、政府有效监管、社会广泛参与”的食品药品安全工作新机制。充分发挥中介机构、专家、消费者权益保护组织和行业协会的作用，引导新闻媒体，形成社会监督合力。
（三）发展目标
通过5年的努力，使全市食品安全综合协调机制更加健全，“从田间到餐桌”全过程的监管网络更加完善，食品药品安全风险监测和风险评估体系基本建立，食品药品安全法规、标准体系更为完备，食品药品安全科学监管水平进一步提高，监管手段和技术装备进一步改善，达到“国际接轨、国内领先”水平，监管队伍素质和依法行政能力全面提升，重大突发事故得到有效控制，应急处置能力不断增强，企业自律意识明显提高，食品药品生产经营秩序明显好转，全面落实最严厉的执法、监管、准入、处罚、问责措施，不断提高公众饮食用药安全保障水平，努力使上海成为全国食品药品最安全、消费最放心的城市之一。
1.食品安全风险监测覆盖率和主要食品合格率保持较高水平。食品安全风险监测覆盖食品各供应渠道和类别，年抽检样品数达到8件/千人；按照国家标准评价，与人民生活密切相关的主要食品安全风险监测平均合格率达到95％以上。建立完善食源性疾病监测系统。
2.食品规范化管理水平明显提升。地产农产品的质量监测量在“十一五”基础上增加60%，力争实现无公害、绿色有机农产品认证率60%。对外地入沪的主要农产品种类实施准入制度，农产品质量安全追溯体系覆盖率达到90%。高风险餐饮服务行业食品安全规范化管理达标率不低于80%；保健食品生产企业GMP管理率达到100％；
化妆品生产企业卫生规范达标率达到100%。本市生产的食品（含保健食品）、化妆品品种年度抽检覆盖率达到100％，平均合格率达到95％以上。
3.食品安全事故得到有效防控。年集体性食物中毒事故报告发生率控制在6例以下/10万人。不发生重特大食品安全事件，食源性疾病发生率低于以往水平；食品污染事故调查率达到100%，食品安全事故及时率在90%以上、快速处置率达到100%、正确处置率达到100%。
4.药品质量抽验覆盖率、合格率保持高位。药品质量监督性抽验每万人口7-8件；药品质量监督性抽检总体合格率不低于97%；药品质量监督性抽验年企业覆盖率达到100%，抽验频次1-4次/年。
5.药品动态监管和风险控制继续强化。本市药品生产100%符合2010年修订的国家《药品生产质量管理规范》（ＧＭＰ）要求；电子监管品种覆盖率达到100%；药品质量突发事件处置响应时间≤2小时。进一步完善本市药品实时监控系统，实现全品种购进、销售情况跟踪。
6.药品经营流通秩序更加规范，药学服务水平不断提升。药品经营100%符合《
药品经营质量管理规范》要求，零售药店均配备执业药师。到2015年，所有零售药店和医院药房均有执业药师和药师提供合理用药指导。
7.基本药物质量保证。保证基本药物质量抽验做到本市生产企业和品种两个全覆盖；对本市药品生产企业生产的基本药物品种实施原料、辅料、成品的抽检全覆盖。稳步提高本市基本药物标准。
8.医疗器械质量安全管理水平明显提高。稳步推进《医疗器械生产质量管理规范（试行）》的全面实施。本市生产医疗器械质量抽验平均合格率达到90%，无菌和植入性医疗器械生产100%符合《医疗器械生产质量管理规范》要求。
