（5）职工个人应补缴税款的计算公式
纳税年度内每一职工应补缴税款＝当年企业未扣缴税款的企业缴费合计数×适用税率－速算扣除数
上式计算结果如小于0，适用税率调整为5%，据此计算应补缴税款。
有人提问，怎么会出现小于0的情况呢？比如：某单位为某职工当年缴纳年金月份很少，只有几个月，这时，在考虑上速算扣除数的情况下，就可能会出现负数。这里文件的精神就是说：如果出现负数时，不代表就可以不用缴税了。而是至少还应按5%纳税（注：5%不存在速算扣除数问题）。
（6）9号公告规定：本公告自发布之日起执行。也就是说对于以往已经按694号文件计算并缴纳的税款，9号公告是没有追溯期。只有那些还没有补缴年金的企业可以适用新的计算方法纳税。年金已经补缴，或经税务稽查已处理的，不能适用新政策。
（二）个人所得税处理
在个人所得税方面，企业职工最希望从企业年金中获得的优惠是免除个人所得税，目前争取企业年金免个税政策已经行不通。财政部、国家税务总局《关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）第一条规定，企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税；
国家税务总局《关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号）进一步明确：企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除；企业年金的企业缴费计入个人账户的部分是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金，但不与正常工资、薪金合并，按照"工资、薪金所得"项目单独计税，并由企业在缴费时代扣代缴。对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，国家税务总局明确，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。
（三）企业所得税处理
《财政部 国家税务总局关于补充养老保险费 补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]第027号）规定：“自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。”根据上述规定，企业建立的企业年金应同其它补充养老保险合并计算，如在职工工资总额5%标准以内准予扣除，超过的部分，应进行纳税调整。
