第十三条 纳税人对代收税款数额有异议的，扣缴义务人应告知纳税人可直接向车辆登记地主管地税机关申报缴纳，也可先按照扣缴义务人计算的税额缴纳，持缴税凭证及相关证明材料到扣缴义务人所在地主管地税机关重新计算，多退少补。
第十四条 扣缴义务人应于每月终了15日内向所在地主管地方税务机关申报解缴其代收的车船税税款。
第十五条 扣缴义务人申报解缴代收税款时，应向主管地方税务机关如实报送《车船税代收代缴汇总申报表》、《车船税代收代缴明细表》（附件三、四，其中明细表要求按规定的格式和内容以电子方式报送）及《车船税减免税台账》（附件五），主管地方税务机关核对无误后，填开税款缴款书，扣缴义务人将税款解缴入库。
第十六条 扣缴义务人应将代收的车船税单独建帐，分开核算，确保税款安全。
第十七条 扣缴义务人在办理交强险业务时，应严格按照规定代收代缴车船税，并将相关信息录入交强险系统。
第十八条 扣缴义务人不得多收、少收或不收机动车车船税，不得以任何形式擅自减免、赠送机动车车船税。不得将代收代缴的机动车车船税计入交强险保费收入，不得向保险中介机构支付代收车船税的手续费，不得遗漏应录入信息或录入虚假信息。
第十九条 扣缴义务人应按照有关规定做好机动车涉税信息资料的保存、管理工作。
第二十条 扣缴义务人应接受主管地方税务机关和保险监管部门的检查，如实反映情况，提供有关资料，不得拒绝和隐瞒。对税务机关提供的信息，保险机构应予保密，除办理涉税事项外，不得用作其他目的。
第二十一条 扣缴义务人代收代缴车船税的手续费，由税款解缴地的地税机关根据代收车船税实际入库数和代收手续费支付比例计算支付，具体支付比例按照财政部、国家税务总局规定执行。手续费每半年支付一次。
手续费的使用和管理按《财政部国家税务总局
中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2005〕365号）规定执行。
