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1.大科学工程
围绕提升国家原始创新能力的战略目标，根据国家大科学工程的需求和未来发展方向，通过完善大科学工程院市共建、共享合作机制，拟布局新建生物样本库、量子束流装置、光源后续工程、蛋白质设施等一批大科学工程设施；通过部市合作，共同研制万亿亿次超级计算机。同时，对已建设施，要在开放共享、保障运行和持续建设上进一步探索有效途径，逐步形成一批具有世界一流水准的多学科实验平台，使这些设施能支撑国家重点支持的生命科学、材料科学、环境科学等领域内开展世界一流的研究工作；能满足国家战略高技术发展的需求，使相关的研究工作达到国际先进水平；能在某些基本科学问题上，支撑我国科学家开展有特色的研究工作，取得具有重大意义的开创性研究成果；对国家经济建设、国家安全和社会发展的基础支撑能力接近发达国家的水平；培养和造就一支颇具实力的工程技术、科研和管理队伍。使上海成为世界科学前沿研究的重要基地之一。
（1）上海生物样本库
在“上海组织样本库”的网络构架基础上，逐步形成网络型的共享机制，建设包括大型自动化低温样本冷藏库、高通量自动化生物样本处理系统、生物信息分析系统和远程数据管理系统等四个主要部分，实现规模化的样本分析、数据处理及知识产权管理等综合科研服务功能，持续提升上海转化医学研究领域的创新能力和水平。到“十二五”期末，生物样本备份库存储我市生物样本库中样本总量1/3的备份数量（超过20万例）；搜集并保存1-2个大规模群体性一般人群的生物样本库（每个5万例以上）；带动超过100家各级医院参与网络建设，逐步建立一个大规模、高质量、系统化、可持续发展的国际化生物样本库。
（2）量子束流装置
将高性能超强超短激光束与基于超导加速器的电子束及THz辐射束有机结合，形成新一代综合性量子束流的基础上，开展量子束流材料科学研究平台建设，主要包括建设超强超短激光束，基于短脉冲能量回收型超导电子加速器的THz辐射束，以及高性能的离子注入与分析加速器的离子注入材料改性与分析装置等，形成综合性先进材料科学研究与应用开发的平台，从而有力推进我国和本市材料科学的发展，促进新材料的开发和产业应用。
（3）上海光源后续工程
在上海光源一期基础上新建蛋白设施、“梦之线”、光源二期光束线站以及相关辅助设施，大幅度提升线站的时间分辨能力、空间分辨能力和能量分辨能力，发展光源相干特性、偏振特性、短脉冲特性等相关新方法和新应用；建设具有高能量、新波段直线加速器并形成软X射线自由电子激光试验装置，基本实现上海光源的波段覆盖、研究方法覆盖和应用领域覆盖，使上海光源的整体性能继续保持在国际先进水平，充分提升其作为国家级大科学平台的能力。
（4）蛋白质科学研究设施
围绕蛋白质生产能力的提升和形成国际一流蛋白质科学研究平台与支撑体系，在规模化蛋白质制备、蛋白质晶体结构分析、蛋白质核磁共振分析、集成化电镜分析、蛋白质动态分析、蛋白质修饰与相互作用分析、复合激光显微镜、分子影像和数据库与计算分析等方面，建设蛋白质研究设施、系统以及相应配套设施，形成具备规模化蛋白质制备能力、多尺度结构分析能力、多层次动态研究能力、整体与定量分析能力以及数据库与计算能力，成为我国蛋白质科学和技术的重要创新基地、生物药物产业化研究的重要平台。组建国家蛋白质科学中心（上海），实现开放合作、资源共享，开展科学研究和国内外交流。
（5）上海超级计算中心四期建设
结合上海高性能计算实际需求，推进技术和应用研究新发展，参与研制并引进位居国际前列的超级计算主机系统，形成全国领先的高性能计算服务能力；通过开发、移植、购买与计算能力相适应的通用工程应用软件和科学计算软件，在建立上海高性能计算应用工程技术研究中心的基础上，构建国际一流的计算中心、数据中心、服务中心和创新中心，并争取成为国家级工程技术研究中心。为推动上海科技创新、经济发展和“智慧城市”建设提供重要支撑。
2.支持学科及行业共性技术研发
进一步加强对现有研发基地的调整与提升，形成良好的管理体制与运行机制，不断提高其支持研发与技术服务的能力。重点抓好已建的研发基地合作开放、成果转化、运行评估和稳定支持的管理，发挥研发基地在国家基础研究和对产业创新中的支撑作用。同时，面向前沿科学技术发展方向和产业发展需求，进一步优化研发基地布局，新建一批工程技术创新基地和共性技术研发平台，以及若干学科研究中心，整体提升学科与行业共性技术的研发水平。“十二五”期间，拟新建以下一批学科和行业共性技术研发基地：
（1）实验动物公共服务平台二期
在已建成的多个大型啮齿类实验动物设施基础上，建设上海灵长类实验基地，形成规模化的灵长类动物的生产能力，满足上海乃至长三角地区实验用灵长类动物的需要；构建符合国际标准的灵长类实验动物实验设施，争取成为国际实验动物理事会的指定检测机构，为生物医药产业提供符合国际标准的实验条件和技术服务。
（2）药效评价和药理研究服务基地
建设符合国际标准实验室规范的药效评价平台，针对多种重要疾病的治疗药物，形成每年20-30个创新药物的药效评价和50个候选化合物的药理活性评价能力；系统构建与国际接轨的各种药效学评价模型和评价标准，形成药效、药代和安评互动的格局，提供覆盖多个领域的药效评价研究。
（3）生物医药创新产品中试孵化基地
围绕生物医药产品中试放大工艺优化、过程控制和规模化生产等关键技术环节，建设生物药物产品孵化基地和符合良好操作规范标准的生物药物中试和委托加工平台，形成为创新药物的工艺研究和临床研究样品制备服务的能力，为中小企业创新药物的开发、试生产提供工艺验证、中试放大和委托加工服务，推动生物医药创新成果的转化和产业化，发挥上海生物医药创新体系在推进上海生物医药产业发展中的积极作用。
（4）国家肝癌科学中心
以国家创新战略和国家中长期科技发展规划为导向，重点聚焦“肝炎-肝硬化向肝癌发展的预警与预防研究”等与肝癌防治相关的关键科学问题和技术问题。开展“诊断标志物筛选与分子分型研究室”等6个核心平台以及“资源保藏和数据链应用中心”等3个公用辅助研发平台的建设，把国家肝癌科学中心建设成为国家肝癌集成研究中心、高级人才培养基地、国际学术交流合作中心和优势资源共享平台，为实现显著降低我国肝癌发病率和病死率的目标提供强有力科技支撑。
（5）现代农业技术创新服务基地
面向本市农业发展的共性技术需求，建设农业生物种质基因及创新平台、作物生长发育与调控技术平台、农业资源与生物安全技术平台、动物健康养殖与兽医公共卫生研究平台、农村经济与农业科技成果应用平台和现代农业科技孵化平台等若干个技术服务平台，在食品安全、农产品检测、技术推广、技术转移等领域，为先进农业技术的集成、转化、示范服务，为现代农业和都市农业提供全方位的技术支撑。
（6）海洋科技研究中心
建设水池模拟实验室、压力实验室、海底观测网装备研究实验室、生物地球化学培养研究模拟实验室等海洋研究实验室群，以及东海海底观测试验网的仪器装备、水下施工作业机器人和海洋工程勘探船等重大科研设施、海洋研究管理和后勤保障设施等。形成具有国际影响力的河口研究、海底观测、深海探测、海洋工程和海洋资源开发的海洋科技研究基地。不断整合上海的海洋科技力量，建立产、学、研、用一体化的科技兴海平台，形成开发、流动、竞争、合作的科技创新机制，满足国家战略和上海发展需求，促进海洋科学研究的进步和海洋资源的利用。
（7）新能源汽车设计及可靠性测试基地
围绕新能源汽车的设计和可靠性关键技术的研发，建设新能源汽车设计、关键零部件、动力系统、整车可靠性测试等研究实验系统，形成符合国内外最新标准的新能源汽车优化设计、可靠性分析、电磁兼容和耐久性测试的能力，为我国电动汽车领域的整车和关键零部件的技术开发和产业化提供国际一流水平的技术服务和支撑。
（8）太阳能电池技术创新服务基地
围绕太阳能电池在制造技术、工艺装备和检测技术等关键环节，建设铜铟镓硒薄膜太阳电池沉积系统、铜铟镓硒薄膜太阳电池组件自动封装装备、大面积AAA级长脉冲标准光源装备、无损式激光刻蚀系统、生产线在线检测系统等电池制造及检测平台，为薄膜太阳电池技术发展与创新提供有力服务支撑。
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