第二十条 经依法批准在海洋特别保护区内从事开发利用活动的单位和个人，应当制订生态恢复方案并采取生态补偿措施。对造成海洋特别保护区生态破坏和资源损失的，应当根据国家和省有关规定进行生态与资源补（赔）偿，所得款项全额上缴财政，实行“收支两条线”管理。实行生态与资源补（赔）偿不免除其按有关规定缴纳排污费、倾倒费的义务。
第二十一条 海洋特别保护区管理机构应当根据有关技术规范和标准，定期组织开展保护区内经济社会状况、资源开发利用现状调查和生态环境监测、监察及评价工作。
第二十二条 沿海地区县级以上海洋行政主管部门及其所属海监机构负责海洋特别保护区内的海洋执法监督，依法查处违法行为。
第二十三条 海洋特别保护区管理机构应当采取措施鼓励、吸收当地社区居民参与海洋特别保护区的建设与管理。
第二十四条 沿海地区县级以上海洋行政主管部门负责组织建立海洋特别保护区应急系统，制订保护区及其周围区域应急预案。发生海洋环境污染、生态破坏事故和自然灾害时，海洋行政主管部门应当与有关部门和单位配合，按照应急预案采取措施，消除或者减轻灾害。
海洋特别保护区内应当配备应急设备和设施，并进行定期检查和维护。
第二十五条 在海洋特别保护区内从事生态保护、恢复及资源利用活动应当符合功能分区管理要求。
在重点保护区内，实行严格的保护制度，禁止实施各种与保护无关的工程建设活动。
在适度利用区内，在确保海洋生态系统安全的前提下，允许适度利用海洋资源。鼓励实施与保护目标相一致的生态型资源利用活动，发展生态旅游、生态养殖等海洋生态产业。
在生态与资源恢复区内，根据科学研究结果，可以采取适当的人工生态整治与修复措施，恢复海洋生态、资源与关键生境。
在预留区内，严格控制改变区内自然生态条件的生产活动和工程建设活动。
第五章 海洋特别保护区的保护
第二十六条 严格保护典型海洋生态系统分布区、自然景观、历史遗迹、珍稀濒危海洋生物物种及重要海洋生物的洄游通道、产卵场、索饵场、越冬场、栖息地等各类重要海洋生态区域。
