随着全区供水集约化的进一步推进，全区供水体制的理顺显得愈发紧迫。尤其是在新区南片，由南汇水务集团、临港供排水公司、当地乡镇和农场等多家企业供水，管理体制十分复杂，协调难度大，对区内供水发展产生一定制约。
全区排水行业管理体制也未理顺。全区排水系统由市排水公司、南汇水务集团、各城管署、公路署、各镇政府以及房产部门多头建设、多头管理，导致行业管理比较复杂。
二、“十二五”发展思路
（一）指导思想
以科学发展观为指导，紧紧围绕浦东新一轮“7＋1”产业布局以及建设“四个中心”核心区的战略目标，坚持“安全、资源、环境”三位一体、人水和谐的思想，加快城乡水务统筹发展，确保防汛安全、提升供水水质、提高污水处理率、加强行业管理，为浦东新区社会经济可持续发展提供有力支撑。
（二）规划原则
1、提高供水水质、实现集约供水的原则
规划统筹考虑、优化系统布局；
管网设施改造、提高供水水质；
城乡统筹协调、实现集约供水；
强化系统调度、确保供水安全。
2、厂网同步建设、泥水同步治理的原则
满足发展需求、功能适度超前；
厂网同步建设、泥水同步治理；
点源面源污染、统筹协调考虑；
优化运行管理、节能减排增效。
3、提升排水能力、保障防汛安全的原则
强排自排结合，保障防汛安全；
站网同步建设、满足区域发展；
减少暴雨径流、提升排水能力；
加强排水管理、避免雨污混接。
（三）主要指标
| 类别 | 内容 | 指标属性 | 2015年发展目标 |
| 水安全 | 城镇排水 | 预期性 | 按照一般地区1年一遇最大1小时降雨标准，部分重要地区和特殊地区3～5年一遇最大1小时降雨标准，建成区基本消除系统空白，系统达标率85%以上，郊区排水能力明显改善 |
| 水资源 | 供水水质综合合格率等五项水质指标 | 约束性 | ≥95% |
| 万元GDP用水量 | 预期性 | 较“十一五”末下降10% |
| 万元工业增加值用水量 | 预期性 | 较“十一五”末下降5% |
| 水环境 | 城镇污水处理率 | 约束性 | 新区北片达到90%以上新区南片达到85%以上 |
| 污水处理厂污泥处理率 | 预期性 | 85% |
| 城乡河道水质 | 预期性 | 骨干河道主要指标基本达到地表Ⅴ类水标准，重点区域达到水功能区划要求，其他河道水质稳中有升 |
