从总体上看，自然基金成果积累的优势未能充分转变为核心技术研发优势。大量高水平基金成果的价值没有得到充分的挖掘利用，没有充分体现出基金成果对战略性新兴产业和经济社会可持续发展的科学基础作用。
（二）人才培养初见成效，青年和团队尚需强化
市自然科学基金致力于发现和培养创新人才，取得了明显成效。在市自然科学基金资助的3786个项目中，35岁以下青年科技人员承担的项目有803项，资助总经费7840.1万元，分别占资助项目和经费总数的21.21%和18.15%。在被调查的1237个基金项目的负责人及成员中，有39位获得国家杰出青年科学基金资助、12位成为教育部“长江学者奖励计划”特聘教授、12位入选中国科学院百人计划。
目前在我市自然科学基金项目中，由青年科技人员承担的比重还有待进一步提高，培养的高层次人才数量偏少，亟需加大青年人才的培养力度。同时，随着创新活动的深度和广度不断拓展，单凭个人的知识结构和创新能力已难以实现重大成果突破，亟需培养一批基础研究创新团队。
（三）合作交流日趋广泛，实质性合作研究偏少
2001年以来，在对外合作交流活动基金的支持下，资助对外合作交流项目102项，资助总金额467.5万元，年均资助金额46.8万元；通过支持举办一系列重要的国际学术会议，扩大了市自然科学基金的影响力。与市教委设立联合资助项目，重点支持市属高校的学科建设和基础研究，发挥了科学基金的导向和协调作用；联合资助的项目共144项，资助经费5253.5万元，提升了科研人员和团队的整体素质和学术水平，增强了市属高校的科研竞争力。此外，市自然科学基金还重视区域合作，与其他省市的科学基金签署合作协议，共享专家资源、推动专家资源互补和整合，共享相应的信用记录。
目前市自然科学基金合作和交流的规模、强度、层次和广度需要进一步扩大，联合资助模式相对单一，通过学科交流促进交叉学科发展的力度需要进一步增强，针对首都需求的实质性国际合作研究尚需开展。
（四）基金规模稳步增长，管理模式尚需完善
2001-2010年，市自然科学基金年度项目申请数量及资助经费总额逐步增长，基金项目申请量由1000项增加到4691项，增长3.69倍，年均增长18.74%；资助项目数由128项增加到477项，增长2.73倍，年均增长15.74%；资助经费总额由1569万元增加至5930万元，增长2.78倍，年均增长15.92%。近年来，市自然科学基金不断完善管理体系，形成了研究项目基金、对外合作交流基金、专著出版基金、会长基金等形式的资助格局，以及重大项目、重点项目、面上项目、预探索项目的项目结构；初步建立了以竞争性支持为主的资助模式；确立了“依靠专家、发扬民主、择优支持、公正合理”的评审原则和“宏观引导，自主申请，平等竞争，同行评审，择优支持”的运行机制，基金管理总体上日趋科学规范。
随着基金项目规模的不断增大，基金管理局部环节尚存一定不足，如资助体系尚待完善；资助模式仍需继续优化；立项评审机制仍需科学化、规范化的部分环节尚需完善；项目实施管理仍需加强；绩效评估机制尚待建立；信用管理机制不够健全等。
二、形势与需求
当前，首都科技和经济社会发展正处在立足新起点、谋划新发展的重要战略机遇期。应对未来国际、国内科技竞争态势，满足产业和城市可持续发展的战略需求，比以往任何时期都更加迫切地需要坚实的科学基础和有效的技术支撑，迫切需要超前谋划推进首都基础研究与应用基础研究繁荣发展的新思路、新方法和新举措。未来十年，市自然科学基金的发展面临着新的形势与需求。
（一）首都新兴产业发展与城市发展要求超前部署基础研究
自20世纪以来，开展基础研究的目的已逐步从单纯满足科学家探索自然现象和规律的兴趣，转向更加注重服务于经济社会发展的需要。从科学发现到技术发明、成果转化的周期日益缩短，基础研究与应用研究的界限日趋模糊。从实践看，引发经济和社会生活巨大变化的新兴产业的兴起，几乎都与科学的重要突破密切相关；从现实看，基础研究的储备已成为科学选择战略性新兴产业核心技术突破点的基础。
当前，北京在能源、资源、环境等方面均面临严峻考验，产业与城市发展受到科学基础储备不足的制约，特大型城市建设和运行的压力激增，转变经济发展方式的任务十分艰巨。为此，北京必须因势利导，紧密结合科学前沿的发展趋势和首都可持续发展的战略需求，凝练和解决具有战略意义和带动作用的科学问题，超前部署基础研究和应用基础研究，重点突破一批事关产业振兴和城市发展的关键科学问题和技术基础问题，为首都战略性新兴产业和城市发展提供基础性的知识、成果与人才储备。
