1、乡镇卫生院设置。原则上每个乡镇设置一所政府举办的卫生院。因乡镇撤并造成当地居民就医不方便的地方，可将原非建制乡镇卫生院改为建制乡镇卫生院的分院，在人、财、物等方面由建制乡镇卫生院统一管理。在不影响当地居民方便就医的基础上，对还独立存在的非建制乡镇卫生院，要与建制乡镇卫生院进行资源整合，取消非建制乡镇卫生院；或就地转为其他非政府举办的医疗卫生机构或村卫生室。
乡镇卫生院按功能和规模分为中心卫生院和一般卫生院。中心卫生院是辐射一定区域范围的医疗卫生服务中心，除具有一般卫生院的功能外，还承担对周边区域内一般卫生院的技术指导工作。
按照
卫生部等5部门印发的《乡镇卫生院管理办法（试行）》（卫农卫发〔2011〕61号）要求，乡镇中心卫生院统一冠名为××县（市、区）××乡（镇）中心卫生院；一般卫生院（分院）统一冠名为××县（市、区）××乡（镇）卫生院（分院）。
乡镇卫生院只使用一个医疗机构名称，不得使用或加挂其他类别医疗机构的名称。乡镇卫生院的印章、票据、病历本册、处方等医疗文书使用的名称必须与批准的名称一致。乡镇卫生院标识标牌式样由卫生部统一发布、省卫生厅统一监制。
2、村卫生室设置。按照《实施意见》要求，原则上每个行政村只设1所村卫生室，即行政村卫生室。行政村卫生室的法人代表由村卫生室的举办主体决定。行政村卫生室由村委会举办的，由村委会主要负责人担任；行政村卫生室由个人举办的，由相应资质的乡村医生担任，并根据国家有关法律法规承担相应的法律责任。
对一个行政村设有2个以上村卫生室的（“一村多室”），要按《实施意见》有关规定处理。也可结合实际，确定一个村卫生室为行政村卫生室，纳入一体化管理范畴，其他村卫生室不纳入一体化管理范畴，保留其医疗卫生机构名称，开展基本医疗服务。具体处理方式由县级卫生行政部门结合本地实际自行确定。
对未设置村卫生室的行政村（“空白村”），要按《实施意见》有关规定处理。也可结合实际，对服务人口不足1000人，且居住较分散的行政村，由乡镇卫生院采用定点定期巡回诊疗服务方式，承担基本公共卫生服务和基本医疗服务。
县级卫生行政部门要建立“一村多室”和“空白村”的消除台账，并将消除情况及时逐级上报至省卫生厅农卫处备案。
