项目确认采取“随时受理、分批确认”的方式，企业可随时向科技行政管理部门提出项目确认申请，科技行政管理部门分批次组织相关专家进行项目审核确认，但每季度应不少于一次。
第十九条 优惠备案。企业经项目确认后，在报送年度纳税申报表前，向主管税务机关提出企业所得税优惠备案申请，主管税务机关对相关条件进行审核后办理优惠项目备案。
企业办理优惠备案时，应报送以下资料：
1. 科技行政管理部门向企业下发的《云南省企业研究开发项目确认书》。
2. 自主、合作、委托、集中研究开发项目计划书和研究开发费预算。
3. 自主、合作、委托、集中研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。
4. 企业总经理办公会或董事会关于自主、合作、委托、集中研究开发项目立项的决议文件。
5. 合作、委托、集中等研究开发项目的合同或协议。
6. 自主、合作、委托、集中研究开发项目当年《云南省企业研究开发项目可加计扣除研究开发费用发生情况归集表》（附件3）。
7. 委托开发项目，同时报送受托方提供的《研究开发费用支出明细表》。
8. 集中开发项目，同时报送研究开发费预算表、决算表和决算分摊表等资料。
9. 税务机关要求提供的其他资料。
第二十条 加计扣除。企业在所得税年度纳税申报时，将已经在主管税务机关办理备案的研发项目所发生的研发费用在税前加计扣除。
企业研究开发费用税前加计扣除操作流程见流程图（附件4）。
第五章 争议处理
第二十一条 主管税务机关对研究开发项目确有异议的，可商请科技行政管理部门出具鉴定意见或报上级税务机关商同级科技行政管理部门裁决。
第二十二条 税企双方对企业集团集中研究开发费的分摊方法和金额有争议的，如企业集团成员公司设在不同省、自治区、直辖市和计划单列市的，企业按照国家税务总局的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费；企业集团成员公司在同一省不同州（市）的，企业按照省税务机关的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费；企业集团成员公司在同一州（市）的，企业按照州（市）税务机关的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费。
第二十三条 企业研究开发费各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，主管税务机关有权调整其税前扣除额或加计扣除额。
第二十四条 各级税务机关应加强企业研究开发费加计扣除的监督管理，主管税务机关通过纳税评估或税务检查，发现虚报研究开发费加计扣除的企业，应及时进行纳税调整，补征税款及滞纳金；涉嫌偷税的，按照《
中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关规定进行查处。
第二十五条 各级税务机关应与科技行政管理部门加强联系，有条件的地区可建立联席会议制度，明确部门职责，建立信息平台，定期沟通研究开发项目情况。
第二十六条 企业应重视研发费用的归算和统计，并积极向相关部门报送数据信息。
第六章 附则
第二十七条 本实施办法自2012年1月1日起执行。
附件：
1．云南省企业研究开发项目计划书编写提纲
2．云南省企业研究开发项目确认书
3．云南省企业研究开发项目可加计扣除研究开发费用发生情况归集表
4．流程图（略）
附件1
云南省企业研究开发项目计划书编写提纲（计划书字数要求在5000字以内）
一、立项依据
（一） 国内外现状、水平和发展趋势
（二） 项目研究开发目的和意义
（三） 项目达到的技术水平及市场前景
二、研究开发内容和目标
（一） 项目主要内容及关键技术
（二） 技术创新点（国家有关部门、全国（世界）性行业协会等具备相应资质的机构若颁布相关技术参数或标准，应提供。）
