第七条 法律、行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。
第八条 企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理地计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
第九条 企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照本办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报前向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除。
企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额。
第三章 研究开发项目类型及扣除方式
第十条 企业研究开发项目分为自主开发、合作开发、委托开发和集中开发四类。
第十一条 对企业自主开发、合作开发的项目，凡符合本办法第四条、第五条规定的，由企业、合作各方就自身承担的研发费用分别按照规定办理加计扣除。
第十二条 对企业委托给外单位进行开发的研发费用，凡符合上述条件的，由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不得再进行加计扣除。
对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。
第十三条 企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间进行分摊。
第十四条 企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团应提供集中研究开发项目的协议或合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。如不提供协议或合同，研究开发费不得加计扣除。
第十五条 企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团集中研究开发项目实际发生的研究开发费，应当按照权利和义务、费用支出和收益分享一致的原则，合理确定研究开发费用的分摊方法。
第十六条 企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团母公司负责编制集中研究开发项目的立项书、研究开发费用预算表、决算表和决算分摊表。
第四章 加计扣除的程序
第十七条 企业申请研究开发费用加计扣除，应按照以下程序进行：
（一）项目确认
（二）优惠备案
（三）加计扣除
第十八条 项目确认。享受研究开发费用税前加计扣除政策的项目，需经科技行政管理部门进行确认。其中在昆中央企业及省属企业申请享受研究开发费用所得税前加计扣除的由省科技厅确认；其他企业按照属地管理原则，由企业所在州（市）科技局确认。
企业在申请项目确认时，应提供以下材料：
1. 企业总经理办公会或董事会关于自主、合作、委托、集中研究开发项目立项的决议文件。
2. 《云南省企业研究开发项目计划书》（包括自主、合作、委托、集中研究开发项目）（附件1）。
3. 自主、合作、委托、集中研究开发项目可行性研究报告。
4. 合作、委托、集中等研究开发项目的合同或协议。
对于符合研究开发费用税前加计扣除条件的研究开发项目，科技行政管理部门向企业下达《云南省企业研究开发项目确认书》（附件2）。已列入国家、省、市研究开发计划的项目，经企业申请，科技行政管理部门可直接向企业下达《云南省企业研究开发项目确认书》。产业化项目中如有研究开发内容，企业要求享受研究开发费用所得税前加计扣除的，必须单独报送该部分研究开发内容的有关材料。
