受技术装备水平低和技术改造投入不足的制约，装备制造业新产品产值率近年来呈下降趋势。缺乏具有完全自主知识产权、高技术含量的主导产品，产品附加值低，产业综合实力弱。
3.企业创新能力不强，高新技术企业发展乏力。
“十一五”期间，规模以上工业企业科技活动经费投入的年增长率为15％，明显落后于发达省份。企业专利申请数仅占全国的1.44％，处于全国中下水平，企业获专利授权数占全省专利授权总数的23％，明显低于全国平均水平，居东北地区末位。
吉林省高新技术企业发展乏力，全省高新技术企业数量不足广东等发达省份的十分之一。2010年吉林省高新技术产业产值总量仅排全国17位，不足广东等发达省份的5％。
4.创新人才比较优势逐步丧失。
从总量上来看，从2000年开始我省科技人才连续4年出现负增长，后期虽稳步回升，但科技活动人员及科学家与工程师的总量增长速度均低于全国同期平均水平。从结构上看，企业人才短缺严重。吉林省企业拥有的科技从业人员占总量的34.7％，企业拥有科学家与工程师占总量的33.2％，同全国45.1％和40.5％的比例相比，明显偏低。从发展趋势看，短期内吉林省创新人才的下滑趋势难以扭转。近年来吉林省创新人才的流出大于流入，且流出均为市场青睐的高端人才，包括企业技术研发骨干以及一线高水平技术工人，这将对吉林省创新能力建设产生深远的不利影响。
5.创新体系尚不完善。
目前，吉林省企业已经成为创新投入的主体，但是从创新活动的动力及创新成果的实施角度看，企业的创新主体地位尚待进一步强化。吉林省的产学研合作亟需扩大深度和广度，产学研合作的发起方式多是依赖于长期合作关系，合作动力多来自政府部门推动和科研部门促动，并且合作方式单一。中介服务机构的设置多源于政府行政行为，导致实体健全但功能缺位。同时，创新融资环境较差，投资渠道单一，风险投资来源渠道匮乏，大中型企业科技活动获得金融机构的贷款额处于全国较低水平。
（三）面临的形势。
当前，吉林省经济社会发展进入了一个重要的发展阶段，对自主创新提出了更新更高的要求，吉林省创新能力建设既面临着机遇又面临着挑战。
国家日益重视创新能力建设，创新能力建设成为区域竞争力的核心架构，是区域经济社会发展的动力源泉。基于合理的制度安排和完善的创新环境建设，实现区域内部和外部创新资源的合理配置，激发区域企业的创新活力，进而推进区域经济社会的整体进步已成为当前的主流发展模式。区域间围绕创新能力建设的竞争逐渐加剧，创新资源争夺日益激烈，吉林省的自主创新能力建设将面临更大挑战。
新一轮东北老工业基地振兴及长吉图开发开放先导区战略的实施，为吉林省区域创新能力建设创造了良好的环境条件。2009年国务院发布了 《关于
进一步实施东北地区等老工业基地振兴战略的若干意见》（国发 〔2009〕33号），明确了新形势下东北地区的战略重点和重大举措，老工业基地转型发展、跨越发展为吉林省未来一定时期内的创新能力建设提出了明确要求。依托东北老工业基地振兴和长吉图开发开放先导区建设，吉林省自主创新能力建设将获得更多国家政策及相关资源的有力支持，这将成为吉林省自主创新能力建设的难得机遇。
