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（二）海洋生态保护与建设。
海洋生态保护要着重保护好重要和敏感的海洋生态系统，特别是保护好红树林、海草床、珊瑚礁等重要敏感生态系统，并逐步建立红树林生态保护示范区、涠洲岛珊瑚礁特别保护区，保护好山口红树林自然保护区和儒艮自然保护区；保护海域重要经济鱼类的产卵场与孵育场等敏感生态系统，恢复并提高受损、破碎的湿地生态系统和敏感海洋生态系统功能，提高海洋生态环境质量，有效恢复海洋生物资源。
1.开展重要海洋生态系统的调查与评估。开展重要海洋生态系统调查，特别是对红树林湿地生态系统、河口沼泽区和重要经济鱼类产卵场、孵育场等重要敏感生态系统进行全面调查，科学评估生态系统受损度、破碎度，评价生态系统的敏感性和生态系统服务功能的重要性，建立海洋生态系统评估地理信息系统。
2．开展人类活动对生态系统影响的科学评价，确定恢复策略。在系统调查基础上，通过科学理论分析，评价人类活动对重要海洋生态系统的影响，确定恢复策略；避免和减轻人类各种经济活动对重要敏感生态系统的影响；对涉及重要敏感生态系统的开发活动建立科学评估决策制度。
3．开展生态系统恢复与建设。开展重要生态系统人工恢复实验，逐步实施红树林恢复工程、湿地恢复工程、生态海岸建设工程和水环境生态改造工程；加强对重要生态系统内珍稀物种、生物多样性的保护，增殖放流重要经济鱼类资源。到2015年，建成涠洲岛珊瑚礁特别保护区和红树林生态保护示范区。优先保护典型自然生态群落和自然景观，逐步建立便于管理、布局合理、效益显著的海洋及海岸生态体系，形成生态环境良好的安全格局。
（1）生态保护示范区。生态保护示范区是指对海洋生态环境起重要作用的特殊生态要素和生态实体。红树林生态示范区位于北海市银滩东部，现有红树林面积约212.2公顷（3183亩），主要种类为白骨穰、红海榄、木榄，群落外貌深绿，植株密度较大，盖度85%— 90%。该区域定位为旅游、观赏区。
（2）海洋生态特别保护区。海洋生态特别保护区是已规划或适于进行开发建设，同时也是须重视生态协调的地区。该区基本涵盖了绝大部分已规划为工业基地但尚未进行开发建设的地区，以及适宜开发建设的生态非敏感区或低敏感区。北海的海洋生态特别保护区主要是涠洲岛、斜阳岛（东经109°04′～109°08′，北纬21°00′～21°04′）一带，必须处理好开发建设与环境承载力的协调关系，尽快建立涠洲岛珊瑚礁特别保护区。
（3）海洋自然保护区。北海现有的海洋自然保护区为国家级山口红树林自然保护区和合浦儒艮自然保护区。山口红树林自然保护区位于合浦县境内，面积8000公顷，1990年经国务院批准建立，主要保护对象为红树林生态系统。山口红树林自然保护区地处沙田半岛的沿海滩涂地带，属南亚热带湿润气候。保护区海岸线总和长50公里，区内分布着发育良好、结构典型、连片较大、保存较完整的天然红树林，有红海榄、木榄、秋茄、桐花树、白骨穰等12种红树林植物，其中连片的红海榄纯林和高大通直的木榄在我国极为罕见。合浦儒艮自然保护区东起合浦县山口镇英罗港，西至沙田镇海域，海岸线全长43公里，总面积达350平方千米。其中，核心区面积为132平方公里，实验区面积108平方公里，缓冲区面积110平方公里，是我国唯一的儒艮国家级自然保护区。这一海域生长着大片海草，海洋环境质量良好，有海底深槽供儒艮栖息，是儒艮的理想活动家园。
（三）海岛生态保护与建设。
海岛作为海洋的重要组成部分，在海洋生态系统中起着极其重要的作用。海岛蕴藏着丰富的资源，在海洋可持续发展战略中具有重要地位。涠洲岛、斜阳岛位于北海近海海域，保持着独特的自然状态。岛屿周围存活着大量的珊瑚礁，拥有丰富的海洋生态系统，其特殊的地理条件为海洋生物的生长、繁育提供了很好的场所，是海洋生物资源最丰富的区域。但其生存状态非常脆弱，一旦被人类的开发活动破坏，将出现数量减少甚至灭绝等情况，且很难恢复。
1．保护区域：涠洲岛和斜阳岛。
2．保护措施：
（1）确立“保护第一、开发第二”的原则；
（2）在岛上建立保护区，如鸟类保护区和珊瑚礁保护区等；
（3）加快制订有关海岛开发利用及管理的法律、法规、制度；
（4）海岛管理实行统一规划、综合管理、保护为主、严格限制的原则；
（5）利用海岛及周围海域资源，必须进行科学论证，采取严格的生态保护措施，不得破坏海岛地形、岸滩、植被，不得污染海域环境，不得影响生态环境。
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