新农保基金实行区级统筹管理。新农保基金纳入区社会保障基金财政专户，实行收支两条线管理，单独记账、核算，按照有关规定实现保值增值。基础养老金和政府补贴纳入各级财政预算。
十一、基金监督
人力资源社会保障部门要切实履行新农保基金的监管职责，制定完善新农保各项业务管理规章制度，规范业务程序，建立健全内控制度和基金稽核制度，对基金的筹集、上解、划拨、发放进行监控和定期检查，并定期披露新农保基金筹集和支付信息，做到公开透明，加强社会监督。财政、监察、审计部门按照各自职责实施监督，严禁挤占挪用，确保基金安全。新农保经办机构和村民委员会每年在行政村范围内，对村内参保人缴费和待遇领取资格进行公示，接受群众监督。
十二、经办管理服务
要认真记录农村居民参保缴费和领取待遇情况，建立参保档案，长期妥善保存；要建立新农保信息管理系统，并与其他公民信息管理系统实现信息资源共享；要方便参保人持卡缴费、领取待遇和查询本人参保信息。要按照精简效能原则，整合现有农村社会服务资源，加强新农保经办能力建设，运用现代管理方式和政府购买服务方式，降低行政成本，提高工作效率。
区农村社会养老保险事业管理中心负责本区新农保经办工作，镇（街道）社区事务受理中心具体承办、村（居）委会协助办理。新农保工作经费纳入同级财政预算，不得从新农保基金中开支。
十三、相关制度衔接
区、镇（街道）结余的老农保统筹基金和调剂金全部转入区新农保基金，按照本市明确的基金列支范围，统筹使用。“原统筹基金”使用完毕后，由区、镇（街道）财政继续承担，承担比例另行确定。
新老农保养老待遇衔接按照“就高原则”确定，具体按照市人力资源社会保障局、市财政局制定的实施细则执行，其中过渡性养老金由“原统筹基金”支出，过渡性养老金补贴由各镇（街道）财政支出。搞好原南汇区并入浦东新区后原有农村社会养老保险政策与新型农村社会养老保险政策的衔接，提高工作水平。
参加老农保的企业及其从业人员应当参加小城镇社会保险或城镇职工养老保险。老农保企业及其从业人员停止在老农保参保缴费，参加小城镇社会保险或城镇职工养老保险的鼓励扶持政策，由区人力资源和社会保障局、区农委、区财政局另行制定。
