指挥部的主要职责是负责对征地拆迁工作的组织领导、工作协调及重大事项的决策。
（二）设立指挥部办公室。
办公室设在北海市铁路建设办公室。
办公室人员组成：
主 任：吴绍松 市发展改革委调研员
副主任：裴德西 市国土资源局总工程师
林国起 市征地拆迁办主任
许 辉 市铁路建设办公室筹备组成员
谢有为 玉林至铁山港铁路建设指挥部副指挥长
陈振华 合浦县副县长
孙 旭 铁山港区副区长
办公室其他工作人员根据需要从有关部门抽调。
办公室的主要职责是负责征地拆迁资金的落实与管理、拟订工作计划、制订工作制度、传达领导指示、安排工作任务、协调业主及分指挥部的工作关系、汇报工作进度等。
（三）设立县（区）分指挥部。
此次征地拆迁工作以县、区为主要责任单位，牵头完成本县、区的征地拆迁任务，市直有关单位为责任单位，负责抽调工作人员协助县区工作。合浦县、铁山港区要相应成立分指挥部，负责该铁路在本辖区段的征地拆迁工作。分指挥部在市指挥部的指导下开展工作，要制定本辖区段的征地拆迁工作实施方案并报市指挥部备案。
四、部门工作分工
市铁路建设办公室：主要负责协调与自治区铁路建设办、南宁铁路局、广西铁路投资（集团）公司等单位的关系，组织、指导、协调我市铁路建设征地拆迁工作，对重大问题提出对策和建议，向市委、市政府和上级部门及时报告我市铁路建设征地拆迁工作进展情况，牵头落实征地拆迁资金。
市国土资源局：主要负责对县区分指挥部提供勘测定界、人员培训等技术支持，组织用地报批材料，协助市规划局落实被拆迁户的回建用地。
市征地办：主要为县区分指挥部提供业务指导，做好验工计价工作。
市规划局：负责牵头落实被拆迁户的回建用地。
市财政局：主要配合市铁建办落实征地拆迁资金（含工作经费），并对征地拆迁资金进行监管。
市审计局：负责对征地拆迁资金（含工作经费）的使用进行审计。
市民政局：负责及时发布迁坟公告，积极做好铁路建设用地范围内坟墓的迁移工作。
市纪委：负责对征地拆迁工作中出现的违纪案件进行查处。
市政法委：负责组织市公安局、市司法局、市法制办等单位维护征地拆迁过程中的稳定工作。
市委宣传部：负责组织新闻媒体对征地拆迁工作进行宣传报道。
